Mitochondriální (mt) genom rostlin se velmi liší od mt genomu živočišného. Je značně velký ( několik set tisíc bp), i když obsahuje přibližně stejný počet genů jako mt genom živočichů. Je také dynamicky proměnlivý, zejména díky častým vnitromolekulárním rekombinacím. Ty vedou i ke změnám regulačních oblastí v těsném sousedství genů. Silenka obecná má mimořádně proměnlivý mt genom. V rámci jednoho druhu zahrnuje různé haplotypové linie se zcela odlišnými oblastmi na 5´konci esenciálních mt genů, což je i mezi rostlinámi vzjimečný jev. Vzniká tak jedinečná možnost sledovat expresi jednotlivých genů na různém pozadí jaderných genů. Právě geny z jádra transkripci mt genů významně ovlivňují. Ke hledání jaderných genů, účastnících se řízení exprese mt genů, využíváme dvou cest. Jednak klonujeme cDNA jednotlivých genů na základě sekvenční homologie a metody RACE, dále analyzujeme sekvence EST u transkriptomového projektu Silene-Microbotryum. Cílem diplomové práce bude porovnat transkripci atp1 genu v mezipopulačních a vnitropopulačních kříženích silenky obecné a pokusit se najít jaderné faktory, které jsou za pozorované rozdíly zodpovědné. Pro pilné a motivované studenty s hlubokým zájmem o problematiku je možná stáž na Aljašce.
Literatura
Štorchová H., Olson M.S. (2004). Comparison between mitochondrial and chloroplast DNA variation in the native range of Silene vulgaris. Mol. Ecol. 13: 2909-2919.
Pracoviště: Ústav experimentální botaniky AV ČR, Praha 6-Lysolaje
Čeština
English