Kronika Františka Pražského. Chronicon Francisci Pragensis, ed. Jana Zachová (= Fontes rerum Bohemicarum, Series nova 1), Praha 1998, 233 s.

Regesta diplomatica nec non epistolaria Bohemiae et Moraviae V/3 (1350–1352), ed. Jana Zachová, Praha 2000, s. 401–632

Regesta diplomatica nec non epistolaria Bohemiae et Moraviae V/4 (1353–1355), ed. Jana Zachová, Dolní Břežany 2004, s. 633–895

Regesta diplomatica nec non epistolaria Bohemiae et Moraviae V/5 (Index), ed. Jana Zachová, Dolní Břežany 2005, s. 897–1061

Latina pro historiky a archiváře, Praha 2005, 103 s.

Spolupráce na kolektivních publikacích

Eva Kuťáková – Václav Marek – Jana Zachová, Moudrost věků. Lexikon latinských výroků, přísloví a rčení, Voznice 2002, 510 s.

Články a studie

Jana Zachová – Jaroslav Boubín, Z největšího latinského spisu Jana Příbrama proti Viklefovi a táborům, Mediaevalia Historica Bohemica 6, 1999, s. 143–159

Die Chronik des Franz von Prag, in: Die Geschichtsschreibung in Mitteleuropa. Projekte und Forschungsprobleme, hg. Jaroslaw Wenta (= Subsidia historiographica 1), Toruň 1999, s. 331–338

Jana Zachová – Jaroslav Boubín, Monumentální soupis Viklefových bludů z kapitulního sborníku D 49, Mediaevalia Historica Bohemica 7, 2000, s. 133–174

Jana Zachová – Dušan Třeštík, Adhortace De ammonicione ad presbiteros a biskup Vojtěch. Český časopis historický 99, 2001, s. 279–293

Jana Zachová – Jaroslav Boubín, Příbramova excerpta z táborských traktátů z kapitulního sborníku D 49, Mediaevalia Historica Bohemica 8, 2001, s. 139–167