Akademická rada Akademie věd ČR udělila v roce 2004 tyto medaile:
Čestnou medaili „De scientia et humanitate optime meritis“
- Eugenu A. Cernanovi, astronautu NASA, USA
- prof. RNDr. Antonínu Holému, DrSc., vědeckému pracovníku Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR
- prof. Dr. phil. Siegmaru von Schnurbeinovi, Römische-Germanische Kommission des DAI, Frankfurt/Main, Německo
- prof. MUDr. Vratislavu Schreiberovi, 1. LF UK, Laboratoř pro endokrinologii a metabolismus FVL UK
Čestnou oborovou medaili B. Bolzana za zásluhy v matematických vědách
- prof. Owe Axelssonovi, University of Nijmegen, Nizozemí
- prof. RNDr. Ivanu Netukovi, DrSc., Matematický ústav UK v Praze
- prof. Christopheru C. Paigeovi, McGill University, Montreal, Kanada
Čestnou oborovou medaili E. Macha za zásluhy ve fyzikálních vědách
- Dr. Herbertu Hermanovi, Distinguished Professor Emeritus, State University of New York, USA
- prof. Ing. Dr. Pavlu Chráskovi, DrSc., vědeckému pracovníku Ústavu fyziky plazmatu AV ČR
- Janu Koubovi, DrSc. Geodetic Survey of Canada, Ontario
Čestnou oborovou medaili J. Heyrovského za zásluhy v chemických vědách
- prof. Dr. Tilmannu D. Märkovi, Leopold-Franzens Universität Insbruck, Rakousko
- RNDr. Jiřímu Závadovi, DrSc. vědeckému pracovníku Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR
Čestnou oborovou medaili G. J. Mendela za zásluhy v biologických vědách
- doc. MUDr. Jiřímu Forejtovi, DrSc., vědeckému pracovníku Ústavu molekulární genetiky AV ČR
- prof. E. Peteru Geiduschekovi, Center for Molecular Genetics, Kalifornie, USA
- prof. RNDr. Janu Kleinovi, PhD., University Park, Pensylvania, USA
- prof. Dr. Jamesi H. Oliverovi Jr. Georgia Southern University, Statesboro, USA
- prof. Paule M. Pitha-Rowe, PhD, John Hopkins Medical University, Baltimore, USA
- RNDr. Janu Závadovi, DrSc., vědeckému pracovníku Ústavu molekulární genetiky AV ČR
Čestnou oborovou medaili J. E. Purkyně za zásluhy v biologických vědách
- prof. Elizabeht U. Canningové, Imperial College, Londýn, Velká Británie
Čestnou oborovou medaili F. Palackého za zásluhy ve společenských vědách
- prof. Dr. Axelu Honnethovi, Goethe-Universität, Frankfurt/Main, Německo
Čestnou medaili Vojtěcha Náprstka za zásluhy v popularizaci vědy
- Mgr. Ivo Budilovi, Český rozhlas Praha
- doc. RNDr. Zdeňku Kluiberovi, CSc., Ekogymnázium, Praha
- prof. PhDr. Miroslavu Vernerovi, DrSc., Český egyptologický ústav FF UK v Praze
- Mgr. Václavu Větvičkovi, Botanická zahrada PřF UK v Praze
- prof. RNDr. Ivo Volfovi, CSc., Pedagogická fakulta Univerzity Hradec Králové
