Akademická rada Akademie věd ČR udělila v roce 2006 tyto medaile:
Čestnou medaili „De scientia et humanitate optime meritis“
- prof. Ing. Otto Exnerovi, Dr. techn., DrSc., Dr.h.c., vědeckému pracovníku Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR
- prof. RNDr. Miroslavu Fiedlerovi, DrSc., vědeckému pracovníku Matematického ústavu AV ČR
- prof. Dr. Theodoru Wolfgangu Hänschovi, Max-Planck-Institut für Quantenoptik, Garching, SRN
Čestnou oborovou medaili B. Bolzana za zásluhy v matematických vědách
- prof. Imremu Csiszárovi, DrSc., z Maďarské akademie věd, Maďarsko
- Prof. Ivanu Kiguradzemu z A. Razmadze Mathematical Institute Tbilisi, Gruzie.
- prof. Flemmingu Topsøe, PhD., z University of Copenhagen, Dánsko
Čestnou oborovou medaili E. Macha za zásluhy ve fyzikálních vědách
- prof. Peteru Heinzovi Dederichsovi z Institut für Festkörperforschung, Jülich, Německo
- Dr. Gérardu Jamelotovi z Université Paris-Sud, Francie
- prof. Anatoly Nikitinovi, Dr.Sc., Institut of Mathemamtics of NAS of Ukraine
Čestnou oborovou medaili G. J. Mendela za zásluhy v biologických vědách
- prof. Dr. Davidu L. Denlingerovi z Ohio State University, USA
- prof. Susan M. Gasser z Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research, Basel, Švýcarsko
- doc. Ing. Antonínu Stratilovi, DrSc., vědeckému pracovníku Ústavu živočišné fyziologie a genetiky AV ČR
Čestnou oborovou medaili J. E. Purkyně za zásluhy v biologických vědách
- prof. MUDr. Heleně Tlaskalové-Hogenové, DrSc., vědecké pracovnici Mikrobiologického ústavu AV ČR
Čestnou oborovou medaili J. Dobrovského za zásluhy ve společenských vědách
- PhDr. Vladimíru Vavřínkovi, CSc., Slovanský ústav AV ČR
Čestnou oborovou medaili F. Palackého za zásluhy ve společenských vědách
- prof. Thomasi DaCosta Kaufmannovi, PhD., Princeton University, USA
- prof. Dr. Christianu Lequesnovi, řediteli CEFRES, Praha
- Valentině Vladimirovně Marjině, DrSc., Institut slavjanovedenija RAN, Moskva, Rusko
- prof. Franku I. Michelmanovi z Harvard University, USA
Pamětní medaili Jana Patočky
- Dr. phil. Heinrichu Pfeifferovi, Dr.h.c.mult., prof.h.c.mult., z Alexander v. Humboldt Stiftung, Německo
