Home › TEACHING & SUPERVISING › Nabídka témat studentských prací › "NextGen" sekvenačních datech rostlin Ověření jednonukleotidových změn (SNP) identifikovaných in silico v "NextGen" sekvenačních

Ověření jednonukleotidových změn (SNP) identifikovaných in silico v "NextGen" sekvenačních datech rostlin

Téma:

Ověření jednonukleotidových změn (SNP) identifikovaných in silico v "NextGen" sekvenačních datech rostlin

Téma anglicky:

Verification of in silico identified single nucleotide polymorphisms (SNP) in NextGen sequencing data of plants


Vedoucí práce: Mgr. Eva Hřibová, PhD.

tel.: 585 238 713

email.: hribovaatueb [dot] cas [dot] cz

Zásady pro vypracování:

  • Vypracování literárního přehledu o používaných sekvenačních metodách nové generace a jejich aplikaci pro identifikaci tzv. SNP markerů
  • Navržení specifických primerů vhodných pro experimentální ověření in silico identifikovaných SNP míst nalezených v Illumina datech banánovníků, pšenice a trav (Festuca sp. a Lolium sp.) metodami "High Resolution Melting" (HRM), "Single-base extension" a klasického Sangerova sekvenování.
  • Samotná analýza – HRM, "single-base extension" a Sangerovo sekvenování; vyhodnocení a porovnání získaných výsledků.


Seznam doporučené literatury:

  • Nielsen R, Paul JS, Albrechtsen A and Song YS (2011). Genotype and SNP calling from next-generation sequencing data. Nature Reviews Genetics 12:443-451.
  • Han Y, Khu DM, Monteros MJ. High-resolution melting analysis for SNP genotyping and mapping in tetraploid alfalfa (Medicago sativa L.) (2012). Molecular Breeding 29:489-501.
  • Lehmensiek A, Sutherland MW, McNamara RB (2008). The use of high-resolution melting (HRM) to map single nucleotide polymorphisms markers linked to a covered smut resistance gene in barley. Theor appl Genet 117:721-728.
  • Lai K, Duran C, Berkman PJ, Lorenc MT, Stiller J, Manoli S, Hayden MJ, Forrest KL, Fleury D, Baumann U, Zander M, Mason AS, Batley J and Edwards D (2012). Single nucleotide polymorphism discovery from wheat next-generation sequence data. Plant Biotechnology Journal 10:743–749.
  • Kumar S, Banks TW and Cloutier S (2012). SNP discovery through Next-generation sequencing and its applications. International Journal of Plant Genomics 2012.