Knihovna CMS je autonomní součástí Knihovny Filozofického ústavu AV ČR se specializovaným fondem orientovaným na problematiku českého i evropského středověku. Je určena primárně pracovníkům CMS coby příruční knihovna, její umístění v prostorách studovny CMS však poskytuje možnost jejího využití též doktorandům, vědeckým pracovníkům, studentům, badatelům a dalším zájemcům. Provoz knihovny se řídí badatelským řádem.

Knihovní fond je prozatím zpracován ve formě přírůstkového seznamu ve formátech XLS a HTML, v němž lze vyhledávat pomocí Ctrl+F. V téže podobě je i seznam periodik. V posledním sloupci vpravo naleznete u každé knihy lokační značku, která odkazuje na umístění v knihovně. Část fondu je zpracována v Souborném katalogu AV ČR.