Fibrolytický komplex enzymů bachorových bakterií je vázán na celulosomy, které obsahují endocelulasy, cellobiohydrolasy,xylanasy a další doprovodné hemicelulasy. U některých bakterií je vazba celulas na substrát umožněna žlutým afinitním barvivem (Yellow Affinity Substance). Funkcí a významem jednotlivých složek těchto komplexů jsme se zabývali. Při studiu bakterií produkujících butyrát v bachoru se nám podařilo popsat dva nové zajímavé a významné druhy motilních bakterií: Butyrivibrio hungatei a Pseudobutyrivibrio xylanivorans. Tyto druhy jsou zástupci hemicelulolytických bakterií. Vedle toho jsme se podíleli na vývoji transformačního systému pro anaeroby, který je využíván pro degradaci rostlinného fluoroacetátu. Podařilo se nám popsat bakteriální chitinolytickou populaci v bachoru přežvýkavců i u lidí. Jejich studium bylo podpořeno evropským grantem 6FP. V rámci studia probiotik jsme studovali izoláty rodu Bifodobacterium. Sledovali jsme při tom kolonizaci trávicího traktu novorozenců, telat i některých druhů sociálního hmyzu. Popsali jsme tři nové druhy (B. bombi, B. bohemicum, B. actinicoloniformis) a nový rod Bombiscardovia (Bombiscardovia coagulans).  

Kromě bakterií se na utilizaci krmiva v bachoru podílejí i anaerobní houby. Tyto unikátní organizmy se vyskytují jen v trávicím traktu býložravců a jejich celulasy vykazují nejvyšší specifické aktivity celulas v přírodě. Izolace anaerobních hub jsme prováděli z tráveniny domácích, divokých i odchycených (ZOO) býložravců. Mnohé kmeny vykazovaly aktivity fibrolytických enzymů, které by bylo možno využít v biotechnologiích. Studium jejich DNA ukazuje, že stávající taxonomie je nedokonalá. Metabolismus a působení anaerobních bakterií studujeme i v mikrobiálním ekosystému tlustého střeva člověka. Změny mikrobiální populace v tomto prostředí mohou vést nebo jsou příznakem některých zánětlivých onemocnění případně i karcinomu střeva. Přesto doposud neznáme více než 50% druhů bakterií této ekologické niky. Proto studujeme vývoj, stabilitu a možnosti ovlivňování mikrobiální populace u různých typů zvířat. Spolupracujeme s podobnými pracovišti v Británii, Slovinsku, Slovensku i Japonsku. 

Na podporu našich kontaktů organizujeme od roku 1998 mezinárodní symposia o anaerobní mikrobiologii ISAM. Příští ISAM8 bude v červnu 2013 v Insbrucku.