ARÚ byl založen v r. 1919 jako Státní archeologický ústav v rámci Ministerstva školství a národního vzdělávání. V r. 1953 byl začleněn do Československé akademie věd, od roku 1992 je součástí Akademie věd České republiky.

ARÚ je institucí, soustřeďující největší počet profesionálních pracovníků v oboru archeologie v Čechách. Tématem jejich studia jsou archeologické prameny vypovídající o životě člověka a vývoji společnosti od paleolitu až po novověk, které byly a jsou získávány především na území České republiky. Studovány jsou prameny movitého i nemovitého charakteru (artefakty, objekty, sídla a jejich veškeré pozůstatky, krajina). Při terénním i teoretickém výzkumu je v ARÚ věnována velká pozornost aplikaci nejrůznějších metodických přístupů. Důraz je kladen na mezioborovou spolupráci (vědy přírodní a historické). ARÚ je tradičním vydavatelem odborných publikací. Obsáhlou knihovnou a soustavným budováním archivu vytvořil informační zázemí pro širokou odbornou i laickou veřejnost. Činnost knihovny i archivů byla ochromena katastrofální povodní, která znehodnotila rozsáhlou část knihovního fondu i archiválií a jejíž následky se nikdy nepodaří zcela odstranit. ARÚ se nadále podílí na památkové ochraně archeologických pramenů jako součásti národního kulturního dědictví po stránce organizační i legislativní, informační i praktické (předstihové výzkumy a dokumentace ohrožených lokalit i drobná záchranná činnost), na organizaci vědeckého života (konference, veřejné soutěže) i popularizaci archeologie (přednášky, výstavy).