|
|
Close Help | ||||||||||||||
Analýza jaderného proteomu rostlin.
(Diplomová práce / bakalářská práce)
Většina genetické informace eukaryot je uložená ve vysoce organizovaných a dynamických organelách – buněčných jádrech. U živočichů byly popsány mnohé proteiny hrající důležitou roli v uspořádání DNA v chromatinu, její replikaci a transkripci v jádrech. U rostlin nemáme téměř žádné informace o většině těchto proteinů. S cílem odhalit důležité součásti buněčných jader rostlin a objevit dosud necharakterizované proteiny, plánujeme využití multidisciplinárních přístupů, včetně proteomiky, průtokové cytometrie a imunohistochemie. Mimo identifikace nových proteinů budeme provádět lokalizační analýzy vybraných proteinů a sledovat změny proteinového složení jader v průběhu buněčného cyklu. Výsledky budou sloužit k objasnění charakteru a funkce významné složky jader rostlinných buněk.
Vedoucí práce: Ing. Beáta Petrovská, Ph.D.
tel.: 585 238 721
email.: petrovska
ueb [dot] cas [dot] cz
Předpokládaná pracovní náplň:
příprava vzorek na třídění jader průtokovou cytometrií,
in silico analýza identifikovaných proteinů,
imunohistochemická lokalizace vybraných proteinů.
Seznam doporučené literatury:
Doležel J, Greilhuber J, Suda J: Flow cytometry with plants: an overview. In: Doležel J, Greilhuber J, Suda J, editors. Flow cytometry with plant cells. Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim. 41–65 (2007).
Doležel J, Vrána J, Šafář J, Bartoš J, Kubaláková M, Šimková H: Chromosomes in the flow to simplify genome analysis. In: Funct Integr Genomics 12: 397-416 (2012).
Erhardt M, Adamska I, Franco OL: Plant nuclear proteomics – inside the cell maestro. FEBS J 277:3295-3307 (2010).
Matsunaga S, Katagiri Y, Nagashima Y, Sugiyama T, Hasegawa J, Hayashi K, Sakamoto T: New insight into the dynamics of plant cell nuclei and chromosomes. Int Rev Cell Mol Biol 305:1937-6448 (2013).
Narula K, Datta A, Chakraborty N, Chakraborty S: Comparative analyses of nuclear proteome: extending its function. Front Plant Sci 4:article 100 (2013).
Repetto O, Rogniaux H, Larré C, Thompson R, Gallardo K: The seed nuclear proteome. Front Plant Sci 3:article 289 (2012).
