Knihovna Akademie věd ČR, v. v. i., uchovává v porovnání s jinými významnými knihovnami menší počet vzácných svazků. Do speciálního depozitáře má vyčleněno cca po 100 jednotkách rukopisů, prvotisků a dokumentů archivní povahy, které jsou připojeny k přibližně 25.000 svazků knih ze 16.–18. století, v některých případech s přesahem do poloviny 19. století. Historický fond KNAV není sice v plné míře svázán s vlastní historií KNAV, avšak svým obsahovým složením je významnou součástí národního knižního dědictví. V KNAV, fungující od 1. ledna 1953, najdeme navzdory jejímu historickému „mládí“ také knihy, které svým vznikem přesahují hluboko do minulosti datum založení knihovny. Část z nich pochází z knižních fondů vědeckých institucí, jež byly při vzniku Československé akademie věd v roce 1952 zrušeny a jejichž knihovny se staly knižním základem tehdy ustavené Základní knihovny Československé akademie věd (dále jen Základní knihovny ČSAV). Byly to: knihovna Královské české společnosti nauk (1784–1952), knihovna České akademie věd a umění (1890–1952) a knihovna Masarykovy akademie práce (1920–1952). Tyto knižní soubory dodnes odrážejí dějiny svého vzniku a růstu, způsoby knihovnického zpracování i badatelského využívání. Současně nám dochovaly rozsáhlou pramennou základnu k dějinám vědy, neboť shromažďovaly vědeckou literaturu z tehdejší domácí a zahraniční vydavatelské produkce. Časový mezník založení těchto institucí však už v době počátku jejich knihoven překračovaly například odkazy osobních knihoven některých vědců, jejichž prostřednictvím se do knižních fondů včleňovaly i knihy z předcházejících staletí. Četné nejstarší tisky pronikly například do knihovny Královské české společnosti nauk z pozůstalosti jejího prvního sekretáře Tobiáše Grubera, získané v roce 1806, a z převzaté sbírky profesora deskriptivní geometrie a stereotomie na Českém vysokém učení technickém v Praze Františka Kadeřávka († 1961), který zakoupil řadu starých tisků z děčínské knihovny rodu Thun-Hohensteinů, prodávané na aukci v roce 1933.
Počet nejstarších knih pak v letech 1953–1967 rozmnožila Základní knihovna ČSAV antikvárními nákupy a akvizicí různých pozůstalostí či rušených historických knihoven. Obsah nynějšího historického fondu KNAV je tedy velmi rozmanitý, zejména co se týče rukopisů a archiválií. Najdeme zde nečekané žánrové a oborové rozpětí, od řecky psaného Nového zákona ze 13. století po rukopisnou sbírku malovaných rodových znaků Břetislava Schustera z let 1960–1966. Mezi starými tisky bylo při sestavování tištěného soupisu v 80. letech zaznamenáno 786 exemplářů zajímavých spisů z produkce tiskáren 16. století. Přibližně o polovinu více je v KNAV tisků ze 17. století. Přes různorodost obsahu a navzdory skutečnosti, že nejde o fond „historicky rostlý“, lze říci, že staré tisky uchovávané v KNAV představují názorný průřez tiskařskou i literární tvorbou 16.–18. století.
