| Vedoucí oddělení: |
| Šimůnek Jiří , MVDr., CSc. |
| Činnost oddělení: |
Práce laboratoře anaerobní mikrobiologie je orientována na studium anaerobníchmikroorganismů v trávicím traktu zvířat a lidí. Tyto mikroorganismy, jež svými počty několikrát převyšují počty eukaryotických buněk hostitele a jejich metagenom je řádově větší, často zásadním způsobem rozhodují o využívání složek potravy a představují bariér u proti patogenním mikroorganismům. Naše skupina vycházela ze studia anaerobního mikrobiomu předžaludků přežvýkavců. Na fermentaci krmiva se zde podílejí bakterie, anaerobní houby a prvoci. Klíčový význam pro mikroby i hostitele má degradace rostlinných strukturálních a zásobních polysacharidů.
Fibrolytický komplex enzymů některých bachorových bakterií a hub je vázán na celulosomy, které obsahují endocelulasy, celobiohydrolasy, xylanasy a další doprovodné hemicelulasy. U některých bakterií je vazba celulas na substrát umožněna žlutým afinitním barvivem (Yellow Affinity Substance). Funkci a význam jednotlivých složek těchto komplexů jsme popsali. Při studiu bakterií produkujících butyrát v bachoru se nám podařilo popsat dva nové zajímavé a významné druhy motilních bakterií: Butyrivibrio hungatei a Pseudobutyrivibrio xylanivorans a podíleli se na popisu Butyrivibrio proteoclasticus . Tyto druhy jsou zástupci hemicelulolytických bakterií. Současný projekt 7FP Ruminomics n ám umožňuje mapovat genomy butyrát produkujících bakterií a vyvíjet metodiky pro snižování produkce metanu v předžaludcích. Vedle toho jsme se podíleli na vývoji transformačního systému pro anaeroby, který je využíván pro degradaci rostlinného fluoroacetátu. Podařilo se nám popsat bakteriální chitinolytickou populaci v bachoru přežvýkavců i u lidí. Jejich studium bylo podpořeno evropským grantem 6FP Chitosanperos. V rámci studia probiotik jsme studovali izoláty rodu Bifidobacterium a jejich kolonizaci trávicího traktu u novorozeňat a telat. Kolonizaci jsme sledovali i u některých druhů sociálního hmyzu. Zmapovali jsme mikrobiom čmeláků, včel, vos a švábů v celé ČR. Popsali jsme při tom nové druhy bakterií(B. bombi, B. bohemicum, B. actinicoloniformis) a nový rod Bombiscardovia. (Bombiscardovia coagulans).
Metabolismus a působení anaerobních bakterií studujeme i v mikrobiálním ekosystému tlustého střeva člověka. Změny mikrobiální populace v tomto prostředí mohou vést nebo jsou příznakem některých zánětlivých onemocnění případně i karcinomu 
střeva. Přesto doposud neznáme více než 50% druhů bakterií této ekologické niky. Proto studujeme vývoj, stabilitu a možnosti ovlivňování mikrobiální populace u různých typů zvířat. Spolupracujeme s podobnými pracovišti v Británii, Slovinsku, Slovensku, Argentině, Egyptě i Japonsku. Na podporu našich kontaktů organizujeme od roku 1998 mezinárodní symposia o anaerobní mikrobiologii ISAM. Příští ISAM9 bude v červnu 2015 v Portoroži. Adresa: |
| Vedoucí laboratoře: Šimůnek Jiří , MVDr., CSc. Vědečtí pracovníci: Fliegerová Kateřina , RNDr., CSc. Killer Jiří , Ing.,PhD. Kopečný Jan , Ing.,DrSc. Mrázek Jakub , Ing., PhD. Doktorandi: Rosero Jaime Anibal , Mgr. Sechovcová Hana , Ing.,Mgr. Šimůnek Jiří , Ing. Technici: Bartoňová Hana , Ing. Bubíková Hana Štrosová Lenka , Ing. |
Organizační schéma ústavu (pro zvětšení obrázku klikněte zde)
|
mapy.cz |
 |
Liběchov Rumburská 89 277 21 Liběchov tel.: 315 639 532 fax: 315 639 510 |
 |
Praha Vídeňská 1083 142 20 Praha 4-Krč tel.: 267 090 501 fax: 267 090 500 |
 |
Brno Veveří 97 602 00 Brno 2 tel.: 532 290 136 fax: 541 212 988 matousova@iach.cz |
 |
Kromě bakterií se na utilizaci krmiva v bachoru podílejí i anaerobní houby. Tyto unikátní organizmy se vyskytují jen v trávicím traktu býložravců a jejich celulasy vykazují nejvyšší specifické aktivity celulas v přírodě. Izolace anaerobních hub jsme prováděli z tráveniny domácích, divokých i odchycených (ZOO) býložravců. Mnohé kmeny vykazovaly aktivity fibrolytických enzymů, které by bylo možno využít v biotechnologiích. Studium jejich DNA ukazuje, že stávající taxonomie je nedokonalá.