Strukturovaný životopis:

Specializace: Anaerobní mikrobiologie 

Vývoj laboratoře začal zaváděním mikrobiologických a biochemických metod pro anaeroby z trávicího traktu přežvýkavců. Pro jejich trávení mají největší význam mikroorganismy proteolytické, amylolytické a celulolytické. Po charakterizaci jejich enzymů jsem se věnoval adhezi mikrobů na částice krmiva, která rozhoduje o rychlosti a efektivitě trávení rostlinné hmoty. To vedlo k vývoji a aplikaci probiotik, genovým manipulacím anaerobních bakterií, k studiím interakcí anaerobů, enzymologii rozkladu rostlinné vlákniny a proteinů krmiva. Výsledkem byl i vývoj enzymových metod pro stanovení kvality krmiv.

Podílel jsem se na vývoji transformačního vektoru pro bachorové bakterie zajišťujícího rozklad rostlinných toxinů. Vývoj a aplikace shuttle-vektoru s fluoroacetát dehalogenasou vedl k transformaci nepopsaných butyrát produkujících bakterií především izoláty příbuzné rodu Pseudobutyrivibrio. Vyvinutý transformační systém byl ve své době prvý funkční systém pro anaeroby. Transformace nepopsaných izolátů vedla k taxonomii  butyrát produkujících bakterií a popisu dvou nových druhů: Butyrivibrio hungatei a Pseudobutyrivibrio xylanivorans. Po tom následovala účast na popisu druhu  Butyrivibrio proteoclasticus a Eubacterium ovis.

Znalost analýz butyrivibrií pomohly mapovat změny mikrobiomu u lidských pacientů s onemocněními střeva: Popsali jsme změny způsobené zánětlivými chorobami střeva (IBD, EC) a celiakií, stejně jako význam léčení probiotiky. Při studiích probiotik jsme popsali kolonizaci střeva bifidobakteriemi ve střevech novorozeňat a telat. Prokázali jsme přítomnost bifidobakterií u většiny obratlovců a některých druhů hmyzu. Při tom jsme popsali nové druhy bifidobakterií ve střevě čmeláků: Bifidobacterium bombi, B. bohemicum and B. actinicoloniformis a nový rod Bombiscardovia (Bombiscardovia coagulans). U svých hostitelů rovněž působí probioticky.

Vědecké společnosti:

Granty  

1. Tománková Eva, ČZU, Kopečný J.,
Podávání bifidobakterií mláďatům přežvýkavců
GA ČR 523/08/1091, 2008 - 2013

2. Rada Vojtěch, ČZU, Kopečný J.,
Využití synbiotik a rostlinných extraktů ve výživě lidí a zvířat
GA ČR 525/08/H060, 2008 - 2011.

3. Tlaskalová Helena, MBÚ, Kopečný J.,                                                 
Bakterie v etiologii, prevenci a terapii experimentálně vyvolaných střevních  zánětů a kolorektálního karcinomu.
GA ČR 304/11/1252, 2011 - 2014.

4. Wallace R. John, Rowett (UK), Kopečný J.,
Ruminomics: Propojení živočišného genomu, gastrointestinálho microbiomu a výživy k zvýšení účinnosti trávení a vlivu a životní prostředí v chovech přežvýkavců
FP7  289319, 2012 - 2015.

5. Němečková Irena, MILCOM, Kopečný J.,
Fermentované mléčné výrobky a sýry pro zdravou výživu obyvatel, technologické postupy jejich výroby a metody hodnocení s důrazem na vysokou mikrobiologickou bezpečnost a zlepšené nutriční parametry
NAZV QJ1510338, 2015 - 2019.

Vybrané publikace:

Killer J., Kopečný J., Mrázek J., Rada V., Benada O., Koppová I., Havlík J.,  Straka J.

              Bifidobacterium bombi sp. nov., a new bifidobacterium from the bumblebee digestive tract.    

              International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 59 (8), 2020-2024, 2009

Killer J., Kopečný J., Mrázek J., Rada V., Dubna S., Marounek M.

            Bifidobacteria in the digestive tract of bumblebees. Anaerobe 16 (4), 165 – 170, 2010

Killer J., Kopečný J., Mrázek J., Havlík J., Koppová I., Benada O., Rada V.

Bombiscardovia coagulans gen. nov., sp. nov., a new member of the family Bifidobacteriaceae isolated from the

digestive tract of bumblebees

              Systematic and Applied Microbiology 33, 359-366, 2010                     

Kverka M., Zakostelska Z., Klimesova K., Sokol D., Hudcovic T., Hrncir T., Rossmann P.,

            Mrazek J., Kopecny J., Verdu E., Tlaskalova-Hogenova H.,

Oral administration of Parabacteroides distasonis antigens attenuates experimental murine colitis through

modulation of immunity and microbiota composition.

           Clinical and Experimental Immunology 163 (2), 250 – 259, 2011

Zákostelská Z., Kverka M., Klimešová K., Rossmann P., Mrázek J., Kopečný J., Hornová M., Šrutková D., Hudcovič T., 

          Ridl J., Tlaskalová-Hogenová H.,

          Lysate of probiotic Lactobacillus casei DN-114 001 ameliorates colitis by strengthening the gut barrier function

          and changing the gut microenvironment

           PLOS ONE   6 (11),  e27961,  2011

Bunešová V., Domig K.J., Killer J., Vlková E., Kopečný J., Mrázek J., Ročková Š., Rada V.

            Characterization of bifidobacteria suitable for probiotic use in calves,

Anaerobe 18, 166 – 168, 2012,

Vlčková K., Mrázek J., Kopečný j., Petrželková K.J.

Evaluation of different storage methods to characterize the fecal bacterial communities of captive western

lowland gorillas (Gorilla gorilla gorilla). J. of Microbiological Methods, 91, 45 – 51, 2012

Killer J., Mrázek J., Bunešová V., Havlik J., Koppová I., Benada O., Rada V., Kopečný J.,

            Vlková E.,

            Pseudoscardovia suis gen. nov., sp. nov., a new member of the family Bifidobacteriaceae

isolated from the digestive tract of wild pigs (Sus scrofa). Systematic & Applied Microbiol., 36, 11-16, 2013

Klimešová K., Kverka M., Zákostelecká Z., Hrnčíř T., Hudcovic T., Štěpánková R., Rossman P.,

            Rídl J.,  Kostovčík M., Mrázek J., Kopečný J., Tlaskalová H., 

Altered Gut Microbiota Promotes Colitis-Associated Cancer in IL-1 Receptor–Associated Kinase M–Deficient Mice.

Inflammatory Bowel Diseases,19, (6), 1266 – 1277, 2013

Killer J., Sedláček I., Rada V., Havlík J., Kopečný J.,

            Reclassification of Bifidobacterium stercoris (Kim et al., 2010) as a later heterotypic synonym

            to Bifidobacterium adolescentis.International Journal of Systematic and Evolutionary

            Microbiology, 2013 63 (11): 4350-4353;

Killer J., Ročková S., Bunešová V., Vlková E., Rada V., Kopecny J., Havlik J., Koppová I,

            Benada O., Mrázek J., Kofronová O., Profousová I.,

            Alloscardovia macacae sp. nov., isolated from the milk of macaque (Macaca mulatta),

            emended and revised description of the genus Alloscardovia.   

            International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 63 (12), 4439 – 46, 2013

Killer J., Švec P., Sedláček I., Černohlávková J., Benada O., Hroncová Z., Havlík J., Vlková E.,

            Rada V., Kopečný J., Kofroňová O.

            Vagococcus entomophilum sp. nov., from the digestive tract of wasp (Vespula vulgaris)

             International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 64 (3), 731-737, 2014

Fliegerova K., Tapio I., Bonin A., Mrazek J., Callegari M.L., Bani P., Bayat A., Vilkki J.,

            Kopečný J., Shingfield K.J., Boyer F., Coissac E., Taberlet P., Wallace R.J.

            Effect of DNA extraction and sample preservation method on rumen bacterial population

            Anaerobe, 29, 80 - 84, 2014

Killer J., Havlík J., Vlková E., Rada V., Pechar R., Benada O., Kopečný J., Kofroňová O.,

             Sechovcová H.

            Lactobacillus rodentium sp. nov., from the digestive tract of wild rodents.

            International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 64,(5), 1526 - 33, 2014