Doktorandská škola archeologie (II.) se zaměřuje na zkvalitňování výchovy doktorandů. Východiska projektu tvoří rozbor situace archeologie v ČR (zejména její univerzitní části). Značná výhoda spočívá ve zkušenostech získaných během předchozího projektu DSA, jakož i ve zkušenostech vyplývajících z aktuálních kontaktů s dalšími univerzitními a akademickými archeologickými ústavy v Evropě. Hlavním cílem DSA (II.) se stává faktické naplňování programu centra pokročilých archeologických studií. Projekt DSA (II.) se soustřeďuje na problematiku přelomových etap pravěku a středověku v českých zemích. Rozlišuje obecnou a konkrétní poznávací rovinu. V prvém ohledu se zaměří na vybraná aktuální témata evropské archeologie, k nimž patří povaha archeologického svědectví a diskuse o jeho vypovídacích možnostech, problematika archeologického studia kontinuity a diskontinuity, problematika transformace pravěké a středověké společnosti, možnosti a meze středoevropského srovnávacího studia.