Historie
Politické a ekonomické změny po roce 1989 si logicky vyžádaly i změny v systému výchovy a vzdělávání, zejména v oblasti společenských věd. Vznikla silná potřeba založit kvalitní pracoviště, které by poskytovalo postgraduální vzdělávání v ekonomických oborech. Z iniciativy prof. Jana Švejnara a doc. Josefa Zielence vzniklo CERGE, nejprve jako součást Fakulty sociálních věd Univerzity Karlovy (dále jen FSV). Bylo založeno výnosem děkana FSV ze dne 22. března 1991 s podporou Andrew W. Mellon Foundation, Pew Charitable Trusts a Agentury USA pro mezinárodní rozvoj (USAID), a Josef Zieleniec se stal jeho prvním ředitelem. Výnos rektora ze dne 1. října 1993 pak zřídil CERGE jako vědeckopedagogické pracoviště Univerzity Karlovy. Od 1. ledna 1999 je CERGE vysokoškolským ústavem Univerzity Karlovy v Praze na základě Zákona č. 111/1998 Sb. o vysokých školách.
Také tehdejší Československá akademie věd prošla rozsáhlou reorganizací. V roce 1992 zrušila Ekonomický ústav a Prognostický ústav. Pro výzkum v oblasti ekonomie založila novou instituci Národohospodářský ústav (anglicky Economics Institute – EI).
Vznik společného pracoviště CERGE-EI
První dohoda o spolupráci byla podepsána již v roce 1993, druhá v roce 1995. Spolupráce obou institucí se nadále prohlubovala a v roce 1999 došlo k vytvoření CERGE-EI jako společného pracoviště Akademie věd ČR, Národohospodářského ústavu a Univerzity Karlovy v Praze. Nová smlouva o CERGE-EI jako společném pracovišti Univerzity Karlovy v Praze a Národohospodářského ústavu AV ČR byla podepsána v roce 2009.