K obnovení vědecké spolupráce mezi ÚČL a jeho partnerským ústavem z Bratislavy, dočasně oslabené po rozpadu federace na konci roku 1992, došlo na počátku nového tisíciletí. Společnou platformu, na níž se od roku 2002 vědečtí pracovníci i doktorandi obou ústavů každoročně potkávají, představují Česko-slovenské konfrontace/konfrontácie: série panelových diskusí o nejnovější slovenské i české teoretické literatuře a beletrii. Každá ze stran vybírá vždy po jednom titulu z vlastní domácí literárněvědné, básnické a prozaické produkce uplynulého roku, příslušné texty si obě strany v předstihu vymění a při vlastních Konfrontacích/Konfrontáciích recipročně diskutují. (Pouze jeden z ročníků měl výjimečně užší program, diskutovalo se pouze o literárněvědné novince.) První čtyři ročníky pravidelného workshopu koordinovali Tomáš Kubíček (ÚČL) a Vladimír Barborík (Ústav slovenskej literatúry), po nich převzali organizaci za českou stranu Michal Jareš a za slovenskou Jana Pácalová, Ľubica Szomolayová a konečně Radoslav Passia. Jednotlivé referáty z Konfrontací/Konfrontácií jsou následně publikovány časopisecky, obvykle jako recenze nebo recenzní studie.
Z odborných kontaktů, které se na bázi Konfrontací/Konfrontácií podařilo vybudovat, vyrostly i další formy aktuální spolupráce mezi oběma ústavy, k nimž patří studijní cesty spojené s konzultacemi, publikace studií a recenzních příspěvků pracovníků obou ústavů ve vědeckých časopisech protější strany a vůbec spolupráce obou těchto časopisů, České literatury a Slovenské literatury nebo reciproční příspěvky do referenčních knih vznikajících v obou ústavech. Někteří pracovníci ÚČL se účastní pravidelného semináře v Ústavu slovenskej literatúry, nazvaného Literárnokritická reflexia slovenskej literatúry (od roku 2006; dosud čtyři ročníky), ze kterých pravidelně vycházejí sborníky. Ve spolupráci s ÚČL bylo dále v Bratislavě v roce 2007 uspořádáno sympozium Literárne dejepisectvo: kontext, metodológia, žáner (výstup publikován ve Slovenské literatúře 55, č. 2/3, 2008) a v Budmericiach v roce 2008 konference Otázniky nad osmičkami v literatúre 20. storočia 1918 – 1938 – 1948 – 1968 (1989) (výstup opět v mimořádném čísle časopisu Slovenská literatúra 56, č. 6, 2009).
V roce 2009 byla zahájena série společných interdisciplinárních konferencí, věnovaných různým žánrům populární literatury a kultury: detektivce (Vražda v zasadačke. Podoby detektívneho žánru, výstup publikován ve Slovenské literatúře 56, č. 5–6, 2009), hororu (Strach a hrôza. Podoby hororového žánru, výstup publikován knižně 2011), utopii (Bude, ako nebolo. Podoby utopického žánru, knižně 2012) a milostné romanci (... a žili šťastne až... Ľúbostný román. Jeho podoby a adaptácie, 2012, knižní výstup tisku). Editorsky a organizačně se na konferencích o populárních žánrech za ÚČL podílem zejména Michal Jareš, který pro edici Ústavu slovenskej literatúry a nakladatelství Kalligram Knižnica slovenskej literatúry připravil souborné vydání básnického díla Štefana Strážaye (2011) a autorsky se rovněž podílel na knize Hľadanie súčasnosti. Slovenská literatúra začiatku 21. storočia (eds. Radoslav Passia – Ivana Taranenková, 2014), která představuje první souvislejší pokus zachytit vývoj slovenské literatury počátku 21. století.
Ústav slovenskej literatúry SAV v Bratislavě se stal rovněž spolupořadatelem V. kongresu světové literárněvědné bohemistiky, konaného v roce 2015 v Praze.
Program Česko-slovenských konfrontací/konfrontácií (od 2002)
Workshop se koná ob rok v Česku a na Slovensku. V následujícím přehledu přinášíme soupis míst konání doplněný seznamem titulů, o nichž se diskutovalo.
1. setkání, 2002:
Luhačovice (12.–14. 6.)
Próza:
Miloš Urban: Sedmikostelí (Argo, 1999)
Peter Pišťanek: Mladý Dônč (L.C.A. Levice, 1998)
Poezie:
Ivan M. Jirous: Magorova vanitas (Vetus via, 1999)
Ján Ondruš: Prehltanie vlasu (Nadácia StuDňa, 1996)
Věda:
Daniela Hodrová a kol.: Na okraji chaosu: poetika literárního díla 20. století (Torst, 2001)
Peter Zajac: Pulzovanie literatúry (Tvorivosť literatúry 2) (Slovenský spisovateľ, 1993)
2. setkání, 2003:
Budmerice (4.–6. 6.)
Próza:
Michal Hvorecký: Silný pocit čistoty (L.C.A. Levice, 1998)
Květa Legátová: Želary + Jozova Hanule (Paseka, 2001 a 2002)
(+ Tomáš Horváth měl referát o knize Romana Ludvovy: Žena sedmi klíčů /Host, 1997/)
Poezie:
Peter Macsovszky: Cvičná pitva (Drewo a srd, 1997)
Petr Hruška: Vždycky se ty dveře zavíraly (Host, 2002)
Věda:
Jiří Trávníček: Příběh je mrtev? Schizmata a dilemata moderní prózy (Host, 2003)
3. setkání, 2004:
Lednice (26.–28. 5.)
Próza:
Ota Filip: Sousedé a ti ostatní (Host, 2003)
Marek Vadas: Prečo se smrtka smeje (L. C. A. Levice, 2003)
Poezie:
Miloslav Topinka: Trhlina (Trigon, 2002)
Mária Ferenčuhová: Skryté titulky (Drewo a srd, 2003)
Věda:
Miroslav Červenka: Fikční světy lyriky (Paseka, 2003)
Tomáš Horváth: Rétorika historie (Veda, 2002)
4. setkání, 2005:
Tatry – Starý Smokovec (25.–27. 5.)
Próza:
Jan Balabán: Možná že odcházíme (Host, 2004)
Márius Kopcsay: Stratené roky (L. C. A. Levice, 2004)
Poezie:
Viola Fischerová: Matečná samota (Petrov, 2002)
Nóra Ružičková: Beztvárie (vl. nákl., 2004)
Věda:
Pavel Janáček: Literární brak. Operace vyloučení, operace nahrazení, 1938−1951 (Host, 2004)
Oskár Čepan: Literárnoteoretické state. Výber z diela Oskára Čepana 4 (VEDA, 2004)
5. setkání, 2006:
Kunštát (13.–15. 9.)
Próza:
Jiří Hájíček: Selský baroko (Host, 2005)
Pavel Vilikovský: Čarovný papagáj a iné gyče (Slovenský spisovateľ, 2005)
Poezie:
Ivan Wernisch: Hlava na stole (Knihovna Jana Drdy a Petrov, 2005)
Peter Milčák: Prípravná čiara 57 / Preparation line 57 (Levoča – Toronto, Modrý Peter – Fooliar Press, 2005)
Věda:
Jiří Opelík: Holanovské nápovědy (Thyrsus, 2004)
Fedor Matejov: Lektúry (S. A: P., 2005)
6. setkání, 2007:
Štúrovo (12.–14. 9.)
Próza:
Jan Novák: Děda (Bookman, 2007)
Monika Kompaníková: Biele miesta (L. C. A. Levice, 2007)
Poezie:
Inka Machulková: Neúplný čas mokré trávy (Host, 2006)
Ivan Štrpka: Tichá ruka. Desať elégií (ArsPoetica, 2007)
Věda:
Igor Hájek: Prokletá i požehnaná. Eseje o literatuře (Dokořán, 2007)
Marcela Mikulová: Tajovského obrodenecká moderna (Kalligram, 2005)
7. setkání, 2008:
Ostrava (10–12. 9.)
Próza:
Lubomír Martínek: Olej do ohně (Paseka, 2007)
Stanislav Rakús: Excentrická univerzita (L.C.A. Levice, 2008)
Poezie:
Lubor Kasal: Orangutan v továrně (dybbuk, 2007)
Ján Štrasser: Staré železo (Albert Marenčin – Vydavateľstvo PT, 2007)
Věda:
Vladimír Papoušek: Gravitace avantgard. imaginace a řeč avantgard v českých literárních textech první poloviny dvacátého století (Akropolis, 2007)
Peter Darovec: Pavel Vilikovský (Kalligram, 2007)
8. setkání, 2009:
Trnava (16.–18. 9.)
Próza:
Tereza Boučková: Rok kohouta (Odeon, 2008)
Jana Juráňová: Žila som s Hviezdoslavom (Aspekt, 2008)
Poezie:
Bohumila Grögerová: Rukopis (Pavel Mervart, 2008)
Katarína Kucbelová: Malé velké mesto (ArsPoetica, 2008)
Věda:
Pavel Janoušek: Ivan Vyskočil a jeho neliteratura (Host, 2009)
René Bílik: Historický žáner v slovenskej próze (Kalligram, 2008)
9. setkání, 2010:
Olomouc (15.–17. 9.)
Próza:
Antonín Bajaja: Na krásné modré Dřevnici (Host, 2009)
Ján Rozner: Sedem dní do pohrebu (Albert Marenčin – Vydavateľstvo PT, 2009)
Poezie:
Pavel Ctibor: Silentbloky (dybbuk, 2009)
Rudolf Jurolek: Smrekový les (Modrý Peter, 2009)
Věda:
Vladimír Papoušek a kol.:Dějiny nové moderny (Academia, 2009)
Jaroslav Šrank: Nesamozrejmá poézia (LIC, 2009)
10. setkání, 2011:
Banská Štiavnica (12.–14. 9.)
Próza:
Hana Andronikova: Nebe nemá dno (Knižní klub – Odeon, 2010)
Ivana Dobrakovová: Bellevue (Albert Marenčin – Vydavateľstvo PT, 2010)
Poezie:
Pavel Kolmačka: Moře (Triáda, 2010)
Mila Haugová: Pomalá lukostrelkyňa (Slovenský spisovateľ, 2010)
Věda:
Jan Mervart: Naděje a iluze (Host, 2011)
Valér Mikula: Démoni súhlasu a nesúhlasu (F. R. & G., 2010)
11. setkání, 2012:
Kutná Hora (12.–14. 9.)
Próza:
Michal Ajvaz: Lucemburská zahrada (Druhé město, 2011)
Peter Macsovszky: Mykať kostlivcami (Vlna o. s., 2010)
Poezie:
Radek Fridrich: Krooa krooa (Host, 2011)
Eva Luka: Havranjel (Edition Ryba, 2011)
Věda:
Dagmar Mocná: Záludný svět Povídek malostranských (Academia, 2012)
Milan Šútovec: Membra disiecta litteraria (Veda, 2011)
12. setkání, 2013:
Liptovský Mikuláš (11.–13. 9.)
Próza:
Zuzana Brabcová: Stropy (Druhé město 2012)
Víťo Staviarsky: Kale topánky (Marenčin PT, 2012)
Poezie:
Milan Kozelka: Semeniště zmrdů / Teteliště zmrdů (JT's nakladatelství 2012)
Michal Habaj: Michal Habaj (Ars Poetica, 2012)
Věda:
Pavel Janoušek: Černá kočka aneb Subjekt znalce… (Academia, 2012)
Jozef Tancer: Neviditeľné mesto. Prešporok/Bratislava v cestopisnej literatúre. (Kalligram, 2013)