Prof. Jiří Niederle převzal dne 2. září 2009 Čestnou medaili Za zásluhy o Akademii věd České republiky. Zasloužil se o realizaci spolupráce českých akademických a vysokoškolských pracovišť s Evropskou laboratoří fyziky částic CERN v Ženevě.
Na slavnostní ceremonii konané 18.8.2009 v rámci mezinárodní krystalografické konference ECA v Istanbulu převzal Dr. Lukáš Palatinus z FZÚ cenu "Bertaut prize". Cena je udělována každoročně organizacemi "European crystallographic association" a "European neutron scattering association" mladým vědcům za významný přínos v uvedených oblastech.
Akademická rada Akademie věd ČR, na základě návrhu poroty pro udělování Prémie Otto Wichterleho mladým vědeckým pracovníkům v AV ČR odměnila dva pracovníky Fyzikálního ústavu. Tatyana Ostapchuk získala prémii za příspěvek ke studiu moderních feroelektrických keramik
s aplikačním potenciálem. Michael Prouza ji obdržel za příspěvek ke zpracování dat experimentu AUGER. Cena jim byla předána 21. 5. 2009.
Ve dnech 18. - 19. května 2009 se konalo XV. valné shromáždění Učené společnosti České republiky, na kterém se jejím novým členem stal, m.j., prof. RNDr. Tomáš Jungwirth, Ph.D. z Fyzikálního ústavu.
Tomáš Jungwirth byl dne 26.9.2008 jedním ze dvou oceněných cenou Praemie Akademie. Tomáš Jungwirth pracuje na výzkumu fyzikálních zákonitostí v budoucnu využitelných například pro vývoj počítačů nové generace. Chemik Karel Ulbrich z Ústavu makromolekulární chemie AV ČR pak pracuje na mechanismu cílené molekulární distribuce léků v těle pacientů. Oba obory, počítače a molekulární medicína, jsou v centru zájmu. Financování skrze Praemium Akademie vědcům zajistí dostatek zdrojů a komfort pro jejich další práci.