Nakladatelství vzniklo v roce 1953 původně jako nakladatelství Československé Akademie věd (ČSAV). Název Academia získalo v souvislosti s tehdejším uvolněním politické atmosféry v roce 1966. Od poloviny šedesátých let začala nejdříve krajská nakladatelství, následně i nakladatelství celostátní, nahrazovat své původní názvy novými, jednoduššími. Příkladem může být Krajské nakladatelství v Brně, které přijalo název Blok, z celostátních to byl např. Odeon, původně Státní nakladatelství krásné literatury a umění, nebo Svoboda, původně Státní, později stranické Nakladatelství politické literatury. Na změny zareagovalo i nakladatelství Československé Akademie věd, které přijalo název Academia.
 

Dle slov Jiřího Padevěta, ředitele Nakladatelství Academia, se na padesáti letech existence značky Academia velmi dobře odráží nejen vědecká, ale i kulturní historie naší země. Za půlstoletí se nezměnila snaha po vydávání kvalitních vědeckých děl, byť tak či onak politicky či společensky ovlivněná. Za posledních dvacet šest let, to jest od sametové revoluce, která byla nejen pro Academii mezníkem, se snad podařilo (i přes krkolomné období devadesátých let) vybudovat nakladatelskou značku, která „má dobrý zvuk“. (z rozhovoru pro portál H7O, 27. 1. 2016)

V současné době zaujímá Academia svou ediční činností přední místo mezi nakladatelstvími České republiky. Vydává původní vědecké monografie a práce českých vědců, díla klasiků vědy, překlady zahraničních autorů, populárně naučnou literaturu, literaturu faktu, encyklopedie a slovníky. V nakladatelství dále vychází populárně naučný časopis Živa. Kromě nakladatelské činnosti provozuje Academia stejnojmennou síť knihkupectví v Praze, Brně a Ostravě.