Oddělení lexikografie vzniklo 1. května 2010 a trvalým předmětem jeho činnosti je internetový Slovník české literatury po roce 1945 (http://www.slovnikceskeliteratury.cz). Práce na slovníku byla zahájena v roce 2005 v rámci bývalého Oddělení pro výzkum literatury 20. století a v roce 2008 byl publikován v tehdy aktuální verzi soubor cca 900 hesel autorů (vycházející z Janouškova Slovníku českých spisovatelů od roku 1945) a cca 150 hesel periodik (vycházející z Dokoupilova Slovníku českých literárních časopisů, periodických literárních sborníků a almanachů). V letech 2009–2013 byl slovník rozšířen o soubor více než 100 hesel věnovaných institucím literárního života poválečného období a současně byl výběr z tohoto souboru připraven ke knižnímu vydání, který v roce 2014 pod názvem Česká literární nakladatelství 1949–1989 vydalo nakladatelství Academia. Po dokončení této publikace se členové oddělení vracejí k postupné aktualizaci zejména personálních hesel internetového Slovníku české literatury po roce 1945.
Od roku 2015 se oddělení věnuje řešení projektu s pracovním názvem Encyklopedie českého literárního samizdatu, který bude do roku 2017 podporovat Grantová agentura České republiky. Kromě toho byla zformována pracovní skupina, která se zabývá samizdatem jako médiem kulturní opozice v širším historickém a sociálněvědném kontextu a v jejímž rámci s oddělením spolupracují mj. Dr. Tomáš Glanc, PhDr. Michal Kopeček, Ph.D. (ÚSD AV ČR), Joseph Grim Feinberg, M.A., Ph.D. (FÚ AV ČR) a další kolegové.
Členové oddělení se dále zabývají dlouhodobou i příležitostnou ediční činností (podíl na přípravě Spisů Josefa Škvoreckého a Vladimíra Körnera) a další odbornou prací vyplývající z jejich individuálních badatelských zájmů (viz osobní biogramy).