- Ředitel (Ř)
- Sekretariát ředitele (SŘ)
- Sekretariát předsedy AV ČR (SP)
- Sekretariát vědní oblasti věd o neživé přírodě (SOV I.)
- Sekretariát vědní oblasti věd o živé přírodě a chemických věd (SOV II.)
- Sekretariát vědní oblasti humanitních a společenských věd (SOV III.)
- Sekretariát Vědecké rady AV ČR (SVR)
- Ekonomický odbor (EO)
- Kontrolní odbor (KO)
- Odbor podpory vědy (OPV)
- Odbor mezinárodní spolupráce (OMS)
- Odbor mediální komunikace (OMK)
- Správní odbor (SPO)