Spolupráce s CERGE
Národohospodářský ústav úzce spolupracuje s Centrem pro ekonomický výzkum a doktorské studium (dále jen CERGE, což je zkratka anglického názvu Center for Economic Research and Graduate Education) Univerzity Karlovy v Praze. První dohoda o spolupráci byla podepsána již v roce 1993, druhá v roce 1995. Spolupráce obou institucí se nadále prohlubovala a v roce 1999 došlo k vytvoření CERGE-EI (EI je zkratkou anglického názvu Národohospodářského ústavu) jako společného pracoviště Akademie věd ČR, Národohospodářského ústavu a Univerzity Karlovy v Praze. Nová smlouva o CERGE-EI jako společném pracovišti Univerzity Karlovy v Praze a Národohospodářského ústavu AV ČR byla podepsána v roce 2009.
Společné pracoviště provádí též výuku doktorského studia ekonomie a ekonometrie. Studijní program je určen širokému spektru studentů, nejen českým, ale i zahraničním, zejména ze zemí střední a východní Evropy, včetně zemí bývalého Sovětského svazu a středoasijských republik. Více než 100 studentů již studium úspěšně absolvovalo a získalo titul Ph.D.
Při uskutečňování českého akreditovaného doktorského studijního programu CERGE a NHÚ úzce spolupracují s Fakultou sociálních věd Univerzity Karlovy v Praze.
Specifickou funkci v dohledu nad společným pracovištěm CERGE-EI vykonává mezinárodní Výkonný a dozorčí výbor CERGE a NHÚ, jmenovaný společně rektorem Univerzity Karlovy v Praze a předsedou AV ČR. .