Knihovní fondy
Monografie
Fond monografií obsahuje přes 30 000 svazků. Knihy jsou systematicky uspořádány podle Deweyho desetinného třídění (DDC). K dispozici je též fond online elektronických knih.
Periodika
Fond v současnosti odebíraných periodik zahrnuje přes 40 titulů vědeckých časopisů, převážně nejdůležitějších zahraničních, a hlavní tituly českých ekonomických periodik a denního tisku. Periodika aktuálního roku a minulého roku jsou uspořádána abecedně ve volném výběru v čítárně. Starší čísla časopisů jsou uložena v depozitáři a jsou k dispozici na požádání. Stovky dalších časopisů jsou dostupné v elektronické formě.
Speciální fondy
Kromě fondu monografií a periodik knihovna vytváří speciální fondy, pro které je regionální depozitní knihovnou:
Od roku 1994 slouží knihovna také jako depozitní knihovna Světové banky (World Bank) v České republice.
Publikace Mezinárodního měnového fondu (International Monetary Fund, IMF) zahrnují statistiky a monografie z oblasti monetární a finanční ekonomie.
Od února 2002 knihovna slouží jako depozitní knihovna UNCTAD (United Nations Conference on Trade and Development).
Fond šedé literatury
Tato rozsáhlá speciální kolekce obsahuje přes 10 500 dokumentů – pracovních, diskusních a výzkumných materiálů předních světových univerzit a ústavů (NBER, CEPR, IMF, WDI, ČNB atd.). Do této kolekce patří také kompletní sada výzkumných prací CERGE-EI.
Archiv
Knihovna archivuje dizertace obhájené na CERGE UK i materiály CERGE-EI: konferenční materiály, zprávy, seminární práce, materiály vydané bývalým Ekonomickým ústavem ČSAV a historické materiály z fondu tohoto ústavu.
Statistické publikace
Kolekce statistické literatury knihovny obsahuje sbírku Českého statistického úřadu, národní statistiky zemí střední a východní Evropy a statistiky významných mezinárodních institucí – Organisation for Economic Co-operation and Development, International Monetary Fund, International Labour Organisation a United Nations.
Bankovní materiály
Knihovna shromažďuje materiály ČNB a vybraných zahraničních bank, zejména výroční zprávy, statistická data, indikátory a přehledy.