Hlavním posláním Akademie věd a jejích pracovišť je uskutečňovat základní výzkum v širokém spektru přírodních, technických, humanitních a sociálních věd. Tento výzkum - ať již svou povahou vysoce specializovaný nebo interdisciplinární - usiluje o rozvoj poznání na mezinárodní úrovni, respektuje však přitom aktuální potřeby české společnosti a domácí kultury. Pracoviště Akademie věd se podílejí na vzdělávání, a to především výchovou mladých badatelů při uskutečňování doktorských studijních programů, ale i pedagogickou aktivitou svých pracovníků na vysokých školách. Akademie věd aktivně rozvíjí spolupráci s aplikovaným výzkumem a průmyslem. Řada společných mezinárodních projektů i výměny pracovníků se zahraničními partnerskými institucemi upevňují zapojení české vědy do mezinárodního kontextu.
Nejvyšším samosprávným orgánem Akademie věd je Akademický sněm složený ze dvou třetin ze zástupců všech ústavů a dále z reprezentantů vysokých škol, státní správy, podnikatelských kruhů a jiných význačných osobností. Výkonným orgánem Akademie věd je Akademická rada v čele s předsedou Akademie věd, Vědecká rada se zabývá především vědní politikou Akademie věd. Tyto celoakademické orgány jsou voleny vždy na čtyřleté období. Nezávislé hodnocení vědecké úrovně jednotlivých ústavů a dosahovaných výsledků je prováděno v pětiletém cyklu renomovanými vědeckými autoritami podle mezinárodně uznávaných metodik.
Financování vědecké práce v Akademii věd odpovídá běžným mezinárodním standardům. Je podporována především ze státního rozpočtu, kromě zdrojů institucionálních se však stále výrazněji uplatňují také zdroje účelové, získávané prostřednictvím domácích grantových soutěží, a rovněž ze zahraničí , zejména z fondů EU. Prostřednictvím Akademie věd je financována i Učená společnost ČR a více než 70 specializovaných vědeckých organizací sdružených v Radě vědeckých společností ČR.
