Ústav experimentální medicíny AV ČR využil v minulém programovacím období 2007 -2013 v maximální míře příležitostí, které nabízely pro rozvoj vědy a výzkumu strukturální fondy. Realizované projekty směřovaly jednak do oblasti rozvoje lidských zdrojů a vzdělávání, ale i do tzv. tvrdých investic, tedy do nové výzkumné infrastruktury ve smyslu pořízení nových nákladných vědeckých přístrojů, případně vybudování nových laboratorních prostor pro biomedicínský výzkum. Jednalo se o projekty, řešené v rámci operačních programů Praha – Adaptabilita (1 projekt bez partnera, 1 projekt ve spolupráci) Praha – Konkurenceschopnost (4 projekty) a Vzdělávání pro konkurenceschopnost (2 projekty). Celkově se jednalo o investice do nového technologického vybavení a lidských zdrojů přesahující 100 mil. Kč. Pořízené vybavení a infrastruktura slouží výzkumným potřebám ÚEM AV ČR a jeho partnerských organizací s cílem dále zvyšovat konkurenceschopnost zde prováděného výzkumu a příležitostí pro zahraniční spolupráci vědeckých týmů.