Příslušník tzv. Generace českého Národního divadla, a to spolu s Mikolášem Alšem, Josefem Václavem Myslbekem, Vojtěchem Hynaisem, Václavem Brožíkem, Josefem Tulkou, Juliem Mařákem aj. Maloval akademicky uhlazenou formou ovlivněnou neorenesancí. Byl malířem historických a alegorických výjevů, monumentální děl. Spolu s Mikolášem Alešem vyhráli soutěž na výzdobu foyer Národního divadla, Ženíšek je autorem výzdoby stropu jeho hlediště. Stal se vyhledávaným portrétistou a autorem historických obrazů. V letech 1885–1896 učil jako profesor na Vysoké škole uměleckoprůmyslové v Praze, 1896–1915 na Akademii výtvarných umění v Praze. Vychoval řadu žáků.