Aktuality
21.09. - Den otevřených dveří 4. 11. 2016
08.09. - Mezinárodní konference buněčné biologie a radiobiologie
Ve dnech 8. – 10. září 2016 organizuje Biofyzikální ústav AVČR Mezinárodní konferenci buněčné biologie a radiobiologie
Nejcitovanější klíčové publikace ústavu
Vysoce citované publikace mají velký vliv na další rozvoj oboru, včetně jeho dalšího uplatnění v praxi. Proto je citovanost považována za základní charakteristiku významu vědecké publikace. Významní vědci se poznají podle toho, že jejich práce jsou často citovány a špičkové organizace se poznají podle jejich podílu na nejcitovanějších publikacích země.
Průměrné počty citací závisí na oboru a je tedy nutno porovnávat pouze oborově blízké organizace. To platí i pro námi provedenou analýzu, ve které např. ústavy AV ČR ve stejné sekci považujeme za oborově blízké.
Publikace může vzniknout na půdě jednoho pracoviště nebo může vzniknout ve spolupráci dvou, či několika pracovišť. Mateřské pracoviště, tj. to, kde vznikla významná část práce důležité pro danou publikaci, se obvykle pozná podle korespondujícího autora. V převážné většině případů je také první autor ze stejného pracoviště jako korespondující autor. Jako klíčové (vlastní) publikace určité země, organizace nebo týmu budeme označovat takové práce, kde je korespondující autor z této země, organizace nebo týmu. Klíčové publikace jsou zřejmě důležité, protože odrážejí schopnost našich vědců přijít na významné zjištění a publikovat tento výsledek v prestižním časopise.
Analýza nejcitovanějších klíčových publikací je jednou z možností jak hodnotit kvalitu výzkumu a její výsledek tedy neposkytuje celkový obraz o výkonnosti týmu nebo instituce. Publikace, které vznikají ve spolupráci (zejména se zahraničními autory) jsou často citovány více. Tak např. ze 100 nejcitovanějších prací, na kterých se podílí ČR z posledních 5 let, má pouze 20 korespondujícího autora z ČR. Spoluúčast na práci, která vzniká v zahraniční laboratoři, může být pochopitelně významnější, než publikace vznikající u nás. Z druhé strany však může být podíl našeho autora na takové publikace velmi malý, často spojený se zahraničním pobytem. V těchto případech má sice náš autor vysoce citovanou publikaci, ale neodráží to zcela jeho schopnost vědecky pracovat a dospět k podobné publikaci v českých podmínkách své mateřské laboratoře. To odrážejí lépe „klíčové“ publikace.
Provedeme analýzu nejcitovanějších klíčových publikací ČR a podíváme se, kolik publikací z horních 100 v každém roce má náš ústav. Vzhledem k časové dynamice citovanosti je potřeba srovnávat počty citací u publikací vzniklých ve stejném roce. Podívejme se tedy na nejcitovanější publikace, na kterých se podíleli autoři z ČR v jednotlivých létech. Za každý rok snadno nalezneme na WoS publikace ČR (budeme uvažovat pouze práce typu „Article“ nebo „Review“), seřadíme je podle „Times cited“ a 500 nejcitovanějších si uložíme do „Marked listu“. Po převedení do Excelu nalezneme práce, ve kterých je korespondující autor z ČR (ve sloupečku RP hledáme „czech republic“) a vezmeme 100 nejcitovanějších. Tento krok může být u některých publikací chybný, protože některé práce mohou mít více korespondujících autorů a na WoS se objeví pouze jeden (někdy ten méně významný). Těchto případů však podle našich zkušeností není mnoho. Za léta 2000-2009 takto dostaneme 1000 publikací, se kterými budeme dále pracovat (v posledních létech jsou počty citací poměrně nízké a může zde dojít časem k drobným změnám).
Na těchto publikacích se AV ČR podílí přibližně polovinou (524 publikací). V seznamu snadno nalezneme zastoupení jednotlivých ústavů (viz obrázek). V horní části obrázku je rozdělení nejcitovanějších publikací mezi ústavy bez ohledu na jejich velikost, dole jsou počty nejcitovanějších publikací normovány na počty pracovníků ústavu (dle výroční zprávy AV). Na obrázku je vidět, že produktivita BFÚ je ve srovnání s jinými ústavy AV ČR jedna z nejvyšších a ve své sekci (5. sekce – vysunuté segmenty) značně převyšuje ostatní ústavy.
V následující tabulce jsou uvedeny počty publikací, průměrné počty citací u 100 nejcitovanějších klíčových prací ČR a počet prací BFÚ mezi 100 nejcitovanějšími klíčovými publikacemi ČR.
Tabulka č. 1 Počty publikací ČR typu „article“ nebo „review“ v roce 2000-2010, průměrné počty citací u 100 nejcitovanějších klíčových publikací ČR a podíl autorů BFÚ v této „stovce“ nejlepších.
ROK |
2000 |
2001 |
2002 |
2003 |
2004 |
2005 |
2006 |
2007 |
2008 |
2009 |
Počet publikací ČR |
3585 |
3835 |
3946 |
4129 |
4522 |
4659 |
5464 |
6334 |
7155 |
7694 |
Průměrný počet citací u 100 nejcitovanějších, klíčových publikací ČR |
84 |
67 |
80 |
75 |
61 |
54 |
55 |
34 |
26 |
9,8 |
Podíl BFÚ na 100 nejcitovanějších, |
3/100 |
3/100 |
8/100 |
8/100 |
6/100 |
6/100 |
5/100 |
3/100 |
5/100 |
5/100 |
Pozn.: počty citací v roce 2009 jsou zatím nízké a zastoupení BFÚ mezi 100 nejcitovanějšími se tak může v průběhu času změnit
Z tabulky vidíme, že počet publikací, na kterých se podílí ČR, kontinuálně roste. Pokles citovanosti je způsoben kratším časem, po který je práce zveřejněna. Počet prací BFÚ mezi nejcitovanějšími publikacemi je však přes dvojnásobnou konkurenci v posledních létech přibližně stálý a na velikost BFÚ značně velký.
Podle šetření ČSÚ činí roční výdaje na základní výzkum v ČR 16 miliard Kč, zatímco BFÚ hospodaří s částkou přibližně 120 mil Kč ročně (polovina je dotace a polovina jsou granty). Při stejné výkonnosti všech výzkumných týmů v ČR by pravděpodobnost toho, že se publikace BFÚ dostane mezi 100 nejlepších byla 0,75%. Z tabulky vidíme, že výkonnost BFÚ v oblasti nejkvalitnějších výsledků je ve srovnání s průměrem ČR 7x vyšší.
Na těchto publikacích se zpočátku podílelo pouze několik oddělení. Za posledních 5 let, kdy bylo zavedeno v ústavu pravidelné hodnocení výkonnosti týmů, se prakticky všechna oddělení vypracovala tak, že mají své publikace mezi nejlepšími.
Nejcitovanější klíčové publikace Biofyzikálního ústavu AV ČR, v.v.i. za jednotlivé roky
(podle stavu ke dni 6.8.2010):
2009
- HEREDITY 102, 533-541 [AIS=1.586, IF=4.122 V] (2009), The role of repetitive DNA in structure and evolution of sex chromosomes in plants,
- NUCLEIC ACIDS RESEARCH 37, 1713-1725 [AIS=3, IF=7.48 V] (2009), Circular dichroism and conformational polymorphism of DNA,
- JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 5, 2514-2530 [AIS=1.731, IF=4.804 V] (2009), Single Stranded Loops of Quadruplex DNA As Key Benchmark for Testing Nucleic Acids Force Fields,
- BIOCHEMICAL PHARMACOLOGY 77, 364-374 [AIS=1.166, IF=4.254 V] (2009), DNA interactions of dinuclear Ru-II arene antitumor complexes in cell-free media,
2008
- ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION 47, 2059-2062 [AIS=3.296, IF=11.829 V] (2008), Aminophenyl- and nitrophenyl-labeled nucleoside triphosphates: Synthesis, enzymatic incorporation, and electrochemical detection,
- DIFFERENTIATION 76, 24-32 [AIS=1.248, IF=3.311 V] (2008), Differentiation of human embryonic stem cells induces condensation of chromosome territories and formation of heterochromatin protein 1 foci,
- ANALYST 133, 76-84 [AIS=0.93, IF=3.272 V] (2008), Changes in interfacial properties of alpha-synuclein preceding its aggregation,
- JOURNAL OF HISTOCHEMISTRY & CYTOCHEMISTRY 56, 711-721 [AIS=0.909, IF=2.372 V] (2008), Histone modifications and nuclear architecture: A review,
- PHYSIOLOGICAL RESEARCH 57, 393-402 [AIS=0.41, IF=1.43 V] (2008), The influence of wine polyphenols on reactive oxygen and nitrogen species production by murine macrophages RAW 264.7,
2007
- ANALYTICAL CHEMISTRY 79, 1022-1029 [AIS=1.49, IF=5.214 V] (2007), Multicolor electrochemical labeling of DNA hybridization probes with osmium tetroxide complexes,
- TALANTA 74, 276-290 [AIS=0.74, IF=3.29 V] (2007), Magnetic beads as versatile tools for electrochemical DNA and protein biosensing,
- ELECTROANALYSIS 19, 2383-2403 [AIS=0.615, IF=2.63 V] (2007), Electroactivity of nonconjugated proteins and peptides. Towards electroanalysis of all proteins,
2006
- DRUG RESISTANCE UPDATES 9, 111-122 [AIS=2.48, IF=12.581 V] (2006), DNA binding mode of ruthenium complexes and relationship to tumor cell toxicity,
- NUCLEIC ACIDS RESEARCH 34, 697-708 [AIS=3, IF=7.48 V] (2006), Molecular dynamics simulations of sarcin-ricin rRNA motif,
- CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL 12, 2854-2865 [AIS=1.593, IF=5.382 V] (2006), Nature of base stacking: Reference quantum-chemical stacking energies in ten unique B-DNA base-pair steps,
- BIOPHYSICAL JOURNAL 91, 626-638 [AIS=1.917, IF=4.39 V] (2006), Cations and hydration in catalytic RNA: Molecular dynamics of the hepatitis delta virus ribozyme,
- BIOLOGY OF THE CELL 98, 323-336 [AIS=1.657, IF=3.974 V] (2006), Nuclear architecture in the light of gene expression and cell differentiation studies,
2005
- DRUG RESISTANCE UPDATES 8, 131-146 [AIS=2.48, IF=12.581 V] (2005), Modifications of DNA by platinum complexes - Relation to resistance of tumors to platinum antitumor drugs,
- NUCLEIC ACIDS RESEARCH 33, 5851-5860 [AIS=3, IF=7.48 V] (2005), Guanine tetraplex topology of human telomere DNA is governed by the number of (TTAGGG) repeats,
- JOURNAL OF CELL SCIENCE 118, 5035-5046 [AIS=3.251, IF=6.144 V] (2005), Nuclear levels and patterns of histone H3 modification and HP1 proteins after inhibition of histone deacetylases,
- NEW PHYTOLOGIST 166, 291-303 [AIS=2.07, IF=6.03 V] (2005), Preferential elimination of repeated DNA sequences from the paternal, Nicotiana tomentosiformis genome donor of a synthetic, allotetraploid tobacco,
- BIOPHYSICAL JOURNAL 88, 3466-3485 [AIS=1.917, IF=4.39 V] (2005), Hinge-like motions in RNA kink-turns: The role of the second A-minor motif and nominally unpaired bases,
- GENETICS 169, 931-944 [AIS=0.973, IF=2.416 V] (2005), Rapid concerted evolution of nuclear ribosomal DNA in two tragopogon allopolyploids of recent and recurrent origin,
2004
- TRENDS IN GENETICS 20, 432-438 [AIS=4.41, IF=8.69 V] (2004), Gender in plants: sex chromosomes are emerging from the fog,
- JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 126, 10142-10151 [AIS=2.701, IF=8.58 V] (2004), Accurate interaction energies of hydrogen-bonded nucleic acid base pairs,
- JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 126, 6532-6533 [AIS=2.701, IF=8.58 V] (2004), Electrochemical detection of DNA triplet repeat expansion,
- ANALYTICAL CHEMISTRY 76, 5930-5936 [AIS=1.49, IF=5.214 V] (2004), Sensitive electrochemical determination of unlabeled MutS protein and detection of point mutations in DNA,
- BIOPHYSICAL JOURNAL 87, 227-242 [AIS=1.917, IF=4.39 V] (2004), Molecular dynamics simulations of guanine quadruplex loops: Advances and force field limitations,
- BIOLOGICAL JOURNAL OF THE LINNEAN SOCIETY [AIS=2.04, IF=0.991 V] (2004), Concerted evolution of 18-5.8-26S rDNA repeats in Nicotiana allotetraploids,
2003
- NUCLEIC ACIDS RESEARCH 31, 6450-6460 [AIS=3, IF=7.48 V] (2003), DNA-protein cross-linking by trans-[PtCl2(E-iminoether)(2)]. A concept for activation of the trans geometry in platinum antitumor complexes,
- JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 278, 47516-47525 [AIS=2.223, IF=5.328 V] (2003), Activation of trans geometry in bifunctional mononuclear platinum complexes by a piperidine ligand - Mechanistic studies on antitumor action,
- BIOPHYSICAL JOURNAL 84, 3564-3582 [AIS=1.917, IF=4.39 V] (2003), Non-Watson-Crick basepairing and hydration in RNA motifs: Molecular dynamics of 5S rRNA loop E,
- BIOCHEMISTRY 42, 6321-6332 [AIS=1.315, IF=3.226 V] (2003), DNA binding mode of the cis and trans geometries of new antitumor nonclassical platinum complexes containing piperidine, piperazine, or 4-picoline ligand in cell-free media. Relations to their activity in cancer cell lines,
- AMERICAN JOURNAL OF BOTANY 90, 988-996 [AIS=1.339, IF=2.684 V] (2003), Rapid evolution of parental rDNA in a synthetic tobacco allotetraploid line,
- COLLECTION OF CZECHOSLOVAK CHEMICAL COMMUNICATIONS 68, 2231-2282 [AIS=0.208, IF=0.856 V] (2003), Molecular interactions of nucleic acid bases. A review of quantum-chemical studies,
2002
- DRUG RESISTANCE UPDATES 5, 147-161 [AIS=2.48, IF=12.581 V] (2002), Molecular aspects of resistance to antitumor platinum drugs,
- ANALYTICAL CHEMISTRY 74, 4788-4793 [AIS=1.49, IF=5.214 V] (2002), Label-free determination of picogram quantities of DNA by stripping voltammetry with solid copper amalgam or mercury electrodes in the presence of copper,
- CHROMOSOMA 111, 321-331 [AIS=2.272, IF=4.979 V] (2002), 3D Structure of the human genome: order in randomness,
- ANALYTICA CHIMICA ACTA 469, 73-83 [AIS=0.855, IF=3.757 V] (2002), Electrochemical enzyme-linked immunoassay in a DNA hybridization sensor,
- JOURNAL OF BIOLOGICAL INORGANIC CHEMISTRY 7, 725-734 [AIS=1.195, IF=3.415 V] (2002), Biophysical analysis of natural, double-helical DNA modified by a dinuclear platinum(II) organometallic compound in a cell-free medium,
- TALANTA 56, 919-930 [AIS=0.74, IF=3.29 V] (2002), DNA hybridization at microbeads with cathodic stripping voltammetric detection,
- TALANTA 56, 809-819 [AIS=0.74, IF=3.29 V] (2002), Past, present and future of nucleic acids electrochemistry,
- ELECTROANALYSIS 14, 1449-1463 [AIS=0.615, IF=2.63 V] (2002), Electrochemical sensors for DNA interactions and damage,
- CRITICAL REVIEWS IN ANALYTICAL CHEMISTRY 32, 261-270 [AIS=0.922, IF=2.621 V] (2002), Electrochemistry of nucleic acids and development of DNA sensors,
- PROGRESS IN NUCLEIC ACID RESEARCH AND MOLECULAR BIOLOGY, VOL 71 71, 1-68 [AIS=2.69, IF=2.29 V] (2002), DNA modifications by antitumor platinum and ruthenium compounds: Their recognition and repair,
2001
- ANALYTICAL CHEMISTRY 73, 74A-83A [AIS=1.49, IF=5.214 V] (2001), Detecting DNA hybridization and damage,
- ANALYTICAL CHEMISTRY 73, 4801-4807 [AIS=1.49, IF=5.214 V] (2001), Determination of metallothionein at the femtomole level by constant current stripping chronopotentiometry,
2000
- JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 275, 15789-15798 [AIS=2.223, IF=5.328 V] (2000), Sequence specificity, conformation, and recognition by HMG1 protein of major DNA interstrand cross-links of antitumor dinuclear platinum complexes,
- JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 297, 907-922 [AIS=2.051, IF=3.871 V] (2000), An A-type double helix of DNA having B-type puckering of the deoxyribose rings,
- JOURNAL OF BIOLOGICAL INORGANIC CHEMISTRY 5, 364-368 [AIS=1.195, IF=3.415 V] (2000), Steric control of DNA interstrand cross-link sites of trans platinum complexes: specificity can be dictated by planar nonleaving groups,