Biofyzikální ústav

Nejvíce citované publikace českých výzkumných institucí v různých oborech

Cílem této analýzy je odhadnout na základě nejcitovanějších klíčových publikací, které výzkumné organizace ČR nejvíce přispívají k prestiži ČR v různých oborech. Pro jednotlivé organizace stanovíme také součty nejcitovanějších prací přes různé obory. Tam, kde je to možné, odhadneme produktivitu některých organizací nebo týmů relativně mezi sebou. Tato analýza představuje určitý pohled na výkonnost výzkumných institucí nebo týmů, produktivita - pokud je stanovena - je určena pouze ve vztahu k analyzované veličině, tj. počtu klíčových publikací v dané frakci nejcitovanějších prací ČR. To je významný parametr, ale zcela jistě není jediný, který je potřeba použít pro stanovení celkové výkonnosti, perspektivy a nakonec velikosti dotace daného subjektu.

PROČ NEJCITOVANĚJŠÍ PUBLIKACE

Význam vědecké práce v základním výzkumu je dán využitím výsledku autora dalšími vědci. Počet citací je tedy určitou mírou originality a kvality publikace. Počet citací narůstá s časem od zveřejnění práce, a proto je vhodné porovnávat pouze publikace určitého roku. Analýzu lze provádět až po určité době (několik let). V tomto ohledu je lepší impakt faktor (IF) časopisu, který je k dispozici ihned v okamžiku zveřejnění práce. IF však představuje pouze určité očekávání a často je počet skutečných citací podstatně odlišný od očekávání (dokonce i práce publikované v Science nebo Nature mají často nízký počet citací). Z tohoto důvodu je u starších prací vhodnější používat získaný počet citací a nikoliv IF.

V této souvislosti se diskutuje také otázka autocitací. Z pragmatického hlediska vzato - u velkých souborů jako jsou publikace celé ČR není jednoduše možné odstranit autocitace. Z druhé strany to ani neni nutné, protože při vyšším počtu citací hraje příspěvek autocitací menší roli. My se budeme zajímat o nejcitovanější práce v jednotlivých oborech, kde bude vliv autocitací potlačen.

PUBLIKACE ČR

S využitím WoS jsme vytvořili soubory publikací na kterých se podílí autoři z ČR za každý rok v časovém rozmezí  2005-2009 pro ČR. V souborech jsou všechny typy dokumentů a veškeré možné údaje o každém z nich. Tento soubor se tvoří po 500 publikacích (lze exportovat z "Marked listu") a následně se tyto výstupy sloučí do jedné excelovské tabulky. Získali jsme tedy 5 souborů pro každý rok zvlášť. Dělali jsme to takto proto, poněvadž počty citací jsou závislé na době od zveřejnění práce (jak už bylo řečeno)  a pro jednotlivé roky se liší. Získáme tak navíc představu o časovém vývoji získaných výsledků.

TYP DOKUMENTU

V těchto tabulkách seřadíme publikace dle sloupce L, tj. podle typu publikace a ponecháme jen práce, které začínají slovem Article nebo Review. Odstraníme tedy vše od Bibliography až po poslední Proceedings. Na konci odstraníme také „Review, Book Chapter“. Odstraněné soubory mají nula nebo málo citací a většina z nich (Meeting Abstracts) nejsou plnohodnotnými publikacemi.

2005-AR

2006-AR

2007-AR

2008-AR

2009-AR

OBOR PUBLIKACE

Počet oborů (subject categories) na WoS je dosti velký (>170). Některé časopisy mají navíc přiřazeno několik oborů. Pro naší oborovou analýzu přiřadíme každé publikaci jeden ze 170 oborů a to ten, ke kterému má práce nejblíže, tj. obor časopisu, kde byla zveřejněna; pokud má časopis přiřazeno více oborů, vezmeme ten první. Je to určité zjednodušení, ale zřejmě spravedlivější než analýza bez ohledu na obor. Zde je třeba uvést, že jsou zastánci i takového přístupu (tj. nebrat zřetel na obor). Zdůvodnění je v tom, že věda je jedna, každý má možnost vybrat si v čem dělá, různá citovanost v různých oborech odráží odlišný význam oboru pro společnost pro kterou věda slouží. Výzkum v málo citovaných oborech může být snazší. "Zrovnoprávnění" oborů pak může vést k tomu, že nám přibude málo citovaných a tím málo potřebných oborů a naopak vysoce kompetitivní obory, které jsou "žádané" nebudou u nás rozvíjeny. Oba pohledy (oborově závislý a nezávislý) na výzkum je zřejmě potřeba brát v úvahu při zvažování co a jak podpořit.

SPOLEČENSKÉ VĚDY NEBUDEME ANALYZOVAT

Hodnocení výkonnosti v oblasti společenských věd na základě počtu citací není přijato natolik jednoznačně jako u věd přírodních. Počty citací bývají nízké a jsou proto vystaveny velkým fluktuacím. Kromě toho česká témata nemusí být jednoduché publikovat ve světové literatuře.  Z těchto důvodů nebudeme společenské vědy dále v analýze uvažovat a odpovídající soubory smažeme.

PUBLIKACE KLÍČOVÉ A VZNIKLÉ VE SPOLUPRÁCI

Publikace může vzniknout na půdě jednoho pracoviště nebo může vzniknout ve spolupráci dvou, či několika pracovišť. Mateřské pracoviště, tj. to, kde vznikla významná část práce důležité pro danou publikaci, se obvykle pozná podle korespondujícího autora. V převážné většině případů je také první autor ze stejného pracoviště jako korespondující autor. Jako KLÍČOVÉ publikace určité země, organizace nebo týmu budeme označovat takové práce, kde je korespondující autor z této země, organizace nebo týmu.  Klíčové publikace jsou zřejmě důležité, protože odrážejí schopnost našich vědců přijít na významné zjištění a publikovat tento výsledek v prestižním časopise.

Podle afiliace korespondujícího autora budeme také odlišovat publikace, které vznikly v zahraničí s příspěvkem našeho autora (autorů) od těch, které byly vytvořeny doma (v ČR).  Práce, které vznikly v zahraničí budeme označovat "VZNIKLÉ VE SPOLUPRÁCI".  V tabulce publikací ČR pro určitý rok vezmeme sloupec označený RP (reprint author) a nalezneme všechny práce, kde je v adrese koresp autora slovo "czech". Tím dostaneme dva soubory, které následně analyzujeme zvlášť. Důvody jsou tyto: (i) úroveň výzkumu je v ČR podstatně nižší než ve vyspělých zemích a bylo by nespravedlivé porovnávat citovanost našimi autory vyprodukovaných publikací s publikacemi, které píše vědec v rozvinuté zemi (počty citací jsou u těchto publikací jsou v průměru podstatně vyšší); (ii) pro účely financování vědy potřebujeme hodnotit spíše efektivnost produkce v ČR vyprodukovaných prací, kde utratí největší část peněz vyčleněných na výzkum, než hodnotit spolupráci; (iii) na publikacích vzniklých ve spolupráci je často více (mnoho) zahraničních autorů a malý počet (často jeden) autor z ČR, který byl např. na zahraničním pobytu - tyto publikace  často nevypovídají o schopnosti našich vědců vytvořit kvalitní práci.

SEŘAZENÍ PUBLIKACÍ PODLE OBORŮ, NALEZENÍ NEJCITOVANĚJŠÍCH PRACÍ VE VŠECH OBORECH

Pro každý obor budeme porovnávat publikace zvlášť. Seřadíme publikace dle oborů a ve druhé úrovni podle počtu citací (sloupce BH a AB v excelu, obory abecedně, citace dle počtu od největšího).  Frakci nejvýše citovaných prací pro daný obor v ČR (1/f) budeme měnit, abychom získali přehled o chování výsledků analýzy v závislosti na tomto parametru (1/f bude od 1/3 do 1/10). Při malém počtu prací v daném oboru (menším než je f), nebudeme dále analýzu provádět protože výsledek by mohl být zavádějící. Obory s nízkým počtem publikací (pod 30) se tedy nevyhodnotí. V souboru ponecháme pouze 1/f  frakci publikací s nejvyšším počtem citací v každém roce, pro klíčové publikace a práce vzniklé ve spolupráci zvlášť.

2005 - nejcitovanější třetina

2005 - nejcitovanější desetina

2006 - nejcitovanější třetina

2006 - nejcitovanější desetina

2007 - nejcitovanější třetina

2007 - nejcitovanější desetina

2008 - nejcitovanější třetina

2008 - nejcitovanější desetina

2009 - nejcitovanější třetina

2009 - nejcitovanější desetina

 

VYTVOŘENÍ SOUBORŮ NEJCITOVANĚJŠÍCH PUBLIKACÍ PRO JEDNOTLIVÉ ORGANIZACE A OBORY

Nejcitovanější práce v jednotlivých oborech přiřadíme výzkumným organizacím, které nalezneme podle sloupce RP u klíčových prací (přiřadíme pouze organizaci, ze které je korespondující autor) a podle sloupce C1 u prací vzniklých ve spolupráci. Organizace jsme očíslovali. Správně bychom měli publikace dělit tak, aby každé participující organizaci byla přiřazena určitá frakce hodnoty publikace podle počtu autorů a jejich podílů na publikaci. To je však obtížné udělat, proto jsme v prvním kroku celou hodnotu publikace přiřadili organizaci, ze které je korespondující autor; respektive u spoluprácí se zahraničím je hodnota práce přiřazena českému autorovi, který se publikaci podílí. Tím jsme získali tabulky klíčových publikací v nejcitovanější frakci pro jednotlivé organizace a následně také tabulky počtu těchto publikací. Výzkumné organizace tedy mají každá více oborů (řadu oborů) a v každém oboru se srovnávají počty citací pouze mezi sebou a jen u českých publikací, event. u prací vzniklých ve spolupráci se zahraničím a jen v daném roce.

ORGANIZACE NEJLEPŠÍ V DANÉM OBORU; PRODUKTIVITA ORGANIZACE

Soubory pro období 2005-2009 sloučíme, nebot publikace už máme vyhodnocené uvnitř oborů a přiřazené institucím (viz soubory 2005-2009, soubory mají až 32 Mb). Organizace produkující v jednotlivých oborech lze seřadit podle počtu publikací v těchto oborech a podívat se tak, které organizace mají v ČR v daném oboru dobré postavení. Součty počtu prací v nejcitovanější frakci pro různé obory a danou organizaci lze sečíst a dostaneme tak určité celkové vyhodnocení dané organizace. Provedeme-li normování na počet výzkumných pracovníků (pro ústavy AV ČR jsou tyto hodnoty ve výroční zprávě), dostaneme odhad produktivity organizace.  Přehled oborů a nejvýznamnějších výzkumných organizací (ve smyslu největšího počtu citovaných klíčových prací) pro daný obor je uveden v souboru "Nejvýznamnější výzkumné institutce v jednotlivých oborech".

2005-2009 klíčové - nejcitovanější třetina

2005-2009 klíčové - nejcitovanější desetina

Nejvýznamnější výzkumné instituce v jednotlivých oborech

 

POROVNÁNÍ VÝSLEDKŮ PŘI RŮZNÉM STUPNI NÁROČNOSTI HODNOCENÍ

Vzniká otázka jaká frakce nejcitovanějších prací je vhodná pro analýzu. Porovnali jsme výsledky pro třetinu a desetinu nejcitovanějších publikací. Toto porovnání je provedeno v souboru " Porovnání výsledků při různém stupni náročnosti". Jsou zde porovnávány pouze počty klíčových publikací, které se dostaly do nejcitovanější frakce. Vidíme, že k určitým změnám v pořadí dochází, tj. ústavy mohou produkovat více prací s nižší kvalitou nebo naopak. Je důležité nastavit vhodně náročnost hodnocení, bychom o event. dalším financování rozhodli co nejlépe. 

Porovnání výsledků při různém stupni náročnosti

 

HODNOCENÍ TÝMŮ UVNITŘ ÚSTAVU

Publikace dané organizace lze celkem snadno najít a vypsat (např. pro BFÚ je to 142 prací v první třetině nejcitovanějších a 42 prací v desetině nejcitovanějších prací ČR). Vyhodnocení produktivity oddělení BFÚ je provedeno v souboru stejného názvu. Je zde uveden počet citovaných klíčových publikací za 2005-2009 (v třetině a desetině nejcitovanějších prací). Tyto hodnoty jsou normovány na příspěvek, který dostalo oddělení od ústavu na rok 2012 (v %).   Vidíme, že produktivita se liší více než 2x; musíme však mít na mysli to, že se jedná o jeden parametr z více, které určují finanční příspěvek. V ústavním hodnocení se zohledňuje výkonnost v posledních letech s využitím IF, dynamika vývoje součtu IF a citací za posledních 5 let a kvalita citací (počty citací v časopisech s IF nad 10 a nad 20). Zahrnují se v malé míře také pedagogické aktivity a další aktivity jako jsou knihy, členství v radách, počty projektů, organizace konferencí atd. Přesto vidíme, že v ústavu nejsou oddělení, která by nepřispívala k desetině nejcitovanějších prací ČR v některém z oborů WoS (nebo ve více oborech).

Vyhodnocení produktivity oddělení BFÚ

 

HODNOCENÍ PUBLIKACÍ VZNIKLÝCH VE SPOLUPRÁCI

Publikace vzniklé ve spolupráci byly hodnoceny zvlášť, neboť citovanost zahraničních autorů z rozvinutých zemí (převážná část spoluprací) je podstatně vyšší ve srovnání s citovaností našich autorů. To platí i pro publikace zahraničních autorů vzniklé ve spolupráci s našimi vědci. Tak např. když si vezmeme 50 nejcitovanějších prací ČR za rok 2005, zjistíme, že je mezi nimi pouze 10 publikací s korespondujícím autorem z ČR (zatímco tyto práce představují 73% všech publikací, na kterých je ČR uvedena). Podobně je to pro ostatní roky. Při započtení těchto prací do hodnocení naších týmů nebo organizací je tedy potřeba obezřetnosti a význam těchto prací nelze přeceňovat (např. připisovat našemu autorovi celou "hodnotu" takto vzniklé publikace - metodika RVVI - je nesprávné). Je velmi důležité znát příspěvek našeho autora, event pokud práce vznikla v zahraničí, je důležité odhadnout schopnost našeho autora v našich podmínkách v práci pokračovat.

Provedeme analýzu pouze pro desetinu nejcitovanějších prací v období 2005-2009.  Soubor se seřadí dle organizací a vyhodnotí se počet publikací každé organizace dle soupečku U. Provede se korekce pro nejvíce problémových organizací. Součty počtů publikací se počítají dole pod tabulkou a jsou v tabulce na pravé straně od analyzovaných dat. Pokud je na publikaci více našich organizací, započte se jim tato publikace oběma (zjednodušení).

Pro vyhodnocení oborů, ve kterých má ČR významné spolupráce odstraníme mezi čísly organizací 0 a čísla přesahující 73 (počet organizací) - tím se dopouštíme zjednodušení, protože některé publikace budou z další analýzy vyloučeny (pro desetinu nejcitovanějších je to 150 prací ze 750), ale jsou to nejčastěji publikace méně významných výzkumných organizací a v menším počtu případů také práce dvou nebo více spolupracujících organizací (nutno mít tedy na vědomí tuto skutečnost a pro konkrétní organizaci se podívat přímo do sloupečku U v souboru "2005-2009-ve spolupráci-desetina-organizace"). Výsledkem analýzy je opět seznam oborů a pro každý obor seznam organizací s největším počtem prací v horní desetině nejcitovanějších.

2005-2009 - Ve spolupraci - desetina - obory

2005-2009 klíčové i ve spolupráci

Produktivitu oddělení BFÚ lze rovněž vyhodnotit se zahrnutím spolupráce se zahraničními výzkumnými organizacemi

Vyhodnocení produktivity oddělení BFÚ - spolupráce

Dále jsou uvedeny nejcitovanější publikace ústavu:

2009

• Kejnovsky, E., Hobza, R., Cermak, T., Kubat, Z., Vyskot, B. (2009), The role of repetitive DNA in structure and evolution of sex chromosomes in plants, HEREDITY 102, 533-541 [AIS=1.586, IF=4.122 V]
• Kypr, J., Kejnovska, I., Renciuk, D., Vorlickova, M. (2009), Circular dichroism and conformational polymorphism of DNA, NUCLEIC ACIDS RESEARCH 37, 1713-1725 [AIS=3, IF=7.48 V]
• Fadrna, E., Spackova, N., Sarzynska, J., Koca, J., Orozco, M., Cheatham, TE., Kulinski, T., Sponer, J. (2009), Single Stranded Loops of Quadruplex DNA As Key Benchmark for Testing Nucleic Acids Force Fields, JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 5, 2514-2530 [AIS=1.731, IF=4.804 V]
• Novakova, O., Nazarov, AA., Hartinger, CG., Keppler, BK., Brabec, V. (2009), DNA interactions of dinuclear Ru-II arene antitumor complexes in cell-free media, BIOCHEMICAL PHARMACOLOGY 77, 364-374 [AIS=1.166, IF=4.254 V]

2008

• Cahova, H., Havran, L., Brazdilova, P., Pivonkova, H., Pohl, R., Fojta, M., Hocek, M. (2008), Aminophenyl- and nitrophenyl-labeled nucleoside triphosphates: Synthesis, enzymatic incorporation, and electrochemical detection, ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION 47, 2059-2062 [AIS=3.296, IF=11.829 V]
• Bartova, E., Krejci, J., Harnicarova, A., Kozubek, S. (2008), Differentiation of human embryonic stem cells induces condensation of chromosome territories and formation of heterochromatin protein 1 foci, DIFFERENTIATION 76, 24-32 [AIS=1.248, IF=3.311 V]
• Palecek, E., Ostatna, V., Masarik, M., Bertoncini, CW., Jovin, TM. (2008), Changes in interfacial properties of alpha-synuclein preceding its aggregation, ANALYST 133, 76-84 [AIS=0.93, IF=3.272 V]
• Bartova, E., Krejci, J., Harnicarova, A., Galiova, G., Kozubek, S. (2008), Histone modifications and nuclear architecture: A review, JOURNAL OF HISTOCHEMISTRY & CYTOCHEMISTRY 56, 711-721 [AIS=0.909, IF=2.372 V]
• Ciz, M., Pavelkova, M., Gallova, L., Kralova, J., Kubala, L., Lojek, A. (2008), The influence of wine polyphenols on reactive oxygen and nitrogen species production by murine macrophages RAW 264.7, PHYSIOLOGICAL RESEARCH 57, 393-402 [AIS=0.41, IF=1.43 V]

2007

• Fojta, M., Kostecka, P., Trefulka, MR., Havran, L., Palecek, E. (2007), Multicolor electrochemical labeling of DNA hybridization probes with osmium tetroxide complexes, ANALYTICAL CHEMISTRY 79, 1022-1029 [AIS=1.49, IF=5.214 V]
• Palecek, E., Fojta, M. (2007), Magnetic beads as versatile tools for electrochemical DNA and protein biosensing, TALANTA 74, 276-290 [AIS=0.74, IF=3.29 V]
• Palecek, E., Ostatna, V. (2007), Electroactivity of nonconjugated proteins and peptides. Towards electroanalysis of all proteins, ELECTROANALYSIS 19, 2383-2403 [AIS=0.615, IF=2.63 V]

2006

• Brabec, V., Novakova, O. (2006), DNA binding mode of ruthenium complexes and relationship to tumor cell toxicity, DRUG RESISTANCE UPDATES 9, 111-122 [AIS=2.48, IF=12.581 V]
• Spackova, N., Sponer, J. (2006), Molecular dynamics simulations of sarcin-ricin rRNA motif, NUCLEIC ACIDS RESEARCH 34, 697-708 [AIS=3, IF=7.48 V]
• Sponer, J., Jurecka, P., Marchan, I., Luque, FJ., Orozco, M., Hobza, P. (2006), Nature of base stacking: Reference quantum-chemical stacking energies in ten unique B-DNA base-pair steps, CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL 12, 2854-2865 [AIS=1.593, IF=5.382 V]
• Krasovska, MV., Sefcikova, J., Reblova, K., Schneider, B., Walter, NG., Sponer, J. (2006), Cations and hydration in catalytic RNA: Molecular dynamics of the hepatitis delta virus ribozyme, BIOPHYSICAL JOURNAL 91, 626-638 [AIS=1.917, IF=4.39 V]
• Bartova, E., Kozubek, S. (2006), Nuclear architecture in the light of gene expression and cell differentiation studies, BIOLOGY OF THE CELL 98, 323-336 [AIS=1.657, IF=3.974 V]

2005

• Brabec, V., Kasparkova, J. (2005), Modifications of DNA by platinum complexes - Relation to resistance of tumors to platinum antitumor drugs, DRUG RESISTANCE UPDATES 8, 131-146 [AIS=2.48, IF=12.581 V]
• Vorlickova, M., Chladkova, J., Kejnovska, I., Fialova, M., Kypr, J. (2005), Guanine tetraplex topology of human telomere DNA is governed by the number of (TTAGGG) repeats, NUCLEIC ACIDS RESEARCH 33, 5851-5860 [AIS=3, IF=7.48 V]
• Bartova, E., Pachernik, J., Harnicarova, A., Kovarik, A., Kovarikova, M., Hofmanova, J., Skalnikova, M., Kozubek, M., Kozubek, S. (2005), Nuclear levels and patterns of histone H3 modification and HP1 proteins after inhibition of histone deacetylases, JOURNAL OF CELL SCIENCE 118, 5035-5046 [AIS=3.251, IF=6.144 V]
• Skalicka, K., Lim, KY., Matyasek, R., Matzke, M., Leitch, AR., Kovarik, A. (2005), Preferential elimination of repeated DNA sequences from the paternal, Nicotiana tomentosiformis genome donor of a synthetic, allotetraploid tobacco, NEW PHYTOLOGIST 166, 291-303 [AIS=2.07, IF=6.03 V]
• Razga, F., Koca, J., Sponer, J., Leontis, NB. (2005), Hinge-like motions in RNA kink-turns: The role of the second A-minor motif and nominally unpaired bases, BIOPHYSICAL JOURNAL 88, 3466-3485 [AIS=1.917, IF=4.39 V]
• Kovarik, A., Pires, JC., Leitch, AR., Lim, KY., Sherwood, AM., Matyasek, R., Rocca, J., Soltis, DE., Soltis, PS. (2005), Rapid concerted evolution of nuclear ribosomal DNA in two tragopogon allopolyploids of recent and recurrent origin, GENETICS 169, 931-944 [AIS=0.973, IF=2.416 V]

2004

• Vyskot, B., Hobza, R. (2004), Gender in plants: sex chromosomes are emerging from the fog, TRENDS IN GENETICS 20, 432-438 [AIS=4.41, IF=8.69 V]
• Sponer, J., Jurecka, P., Hobza, P. (2004), Accurate interaction energies of hydrogen-bonded nucleic acid base pairs, JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 126, 10142-10151 [AIS=2.701, IF=8.58 V]
• Fojta, M., Havran, L., Vojtiskova, M., Palecek, E. (2004), Electrochemical detection of DNA triplet repeat expansion, JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 126, 6532-6533 [AIS=2.701, IF=8.58 V]
• Palecek, E., Masarik, M., Kizek, R., Kuhlmeier, D., Hassmann, J., Schulein, J. (2004), Sensitive electrochemical determination of unlabeled MutS protein and detection of point mutations in DNA, ANALYTICAL CHEMISTRY 76, 5930-5936 [AIS=1.49, IF=5.214 V]
• Fadrna, E., Spackova, N., Stefl, R., Koca, J., Cheatham, TE., Sponer, J. (2004), Molecular dynamics simulations of guanine quadruplex loops: Advances and force field limitations, BIOPHYSICAL JOURNAL 87, 227-242 [AIS=1.917, IF=4.39 V]
• Kovarik A, Matyasek R, Lim KY, Skalicka K, Koukalova B, Knapp S, Chase M, Leitch AR (2004), Concerted evolution of 18-5.8-26S rDNA repeats in Nicotiana allotetraploids, BIOLOGICAL JOURNAL OF THE LINNEAN SOCIETY [AIS=2.04, IF=0.991 V]

2003

• Novakova, O., Kasparkova, J., Malina, J., Natile, G., Brabec, V. (2003), DNA-protein cross-linking by trans-[PtCl2(E-iminoether)(2)]. A concept for activation of the trans geometry in platinum antitumor complexes, NUCLEIC ACIDS RESEARCH 31, 6450-6460 [AIS=3, IF=7.48 V]
• Kasparkova, J., Novakova, O., Marini, V., Najajreh, Y., Gibson, D., Perez, JM., Brabec, V. (2003), Activation of trans geometry in bifunctional mononuclear platinum complexes by a piperidine ligand - Mechanistic studies on antitumor action, JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 278, 47516-47525 [AIS=2.223, IF=5.328 V]
• Reblova, K., Spackova, N., Stefl, R., Csaszar, K., Koca, J., Leontis, NB., Sponer, J. (2003), Non-Watson-Crick basepairing and hydration in RNA motifs: Molecular dynamics of 5S rRNA loop E, BIOPHYSICAL JOURNAL 84, 3564-3582 [AIS=1.917, IF=4.39 V]
• Kasparkova, J., Marini, V., Najajreh, Y., Gibson, D., Brabec, V. (2003), DNA binding mode of the cis and trans geometries of new antitumor nonclassical platinum complexes containing piperidine, piperazine, or 4-picoline ligand in cell-free media. Relations to their activity in cancer cell lines, BIOCHEMISTRY 42, 6321-6332 [AIS=1.315, IF=3.226 V]
• Skalicka, K., Lim, KY., Matyasek, R., Koukalova, B., Leitch, AR., Kovarik, A. (2003), Rapid evolution of parental rDNA in a synthetic tobacco allotetraploid line, AMERICAN JOURNAL OF BOTANY 90, 988-996 [AIS=1.339, IF=2.684 V]
• Sponer, J., Hobza, P. (2003), Molecular interactions of nucleic acid bases. A review of quantum-chemical studies, COLLECTION OF CZECHOSLOVAK CHEMICAL COMMUNICATIONS 68, 2231-2282 [AIS=0.208, IF=0.856 V]

2002

• Brabec, V., Kasparkova, J. (2002), Molecular aspects of resistance to antitumor platinum drugs, DRUG RESISTANCE UPDATES 5, 147-161 [AIS=2.48, IF=12.581 V]
• Jelen, F., Yosypchuk, B., Kourilova, A., Novotny, L., Palecek, E. (2002), Label-free determination of picogram quantities of DNA by stripping voltammetry with solid copper amalgam or mercury electrodes in the presence of copper, ANALYTICAL CHEMISTRY 74, 4788-4793 [AIS=1.49, IF=5.214 V]
• Kozubek, S., Lukasova, E., Jirsova, P., Koutna, I., Kozubek, M., Ganova, A., Bartova, E., Falk, M., Pasekova, R. (2002), 3D Structure of the human genome: order in randomness, CHROMOSOMA 111, 321-331 [AIS=2.272, IF=4.979 V]
• Palecek, E., Kizek, R., Havran, L., Billova, S., Fojta, M. (2002), Electrochemical enzyme-linked immunoassay in a DNA hybridization sensor, ANALYTICA CHIMICA ACTA 469, 73-83 [AIS=0.855, IF=3.757 V]
• Marini, V., Kasparkova, J., Novakova, O., Scolaro, LM., Romeo, R., Brabec, V. (2002), Biophysical analysis of natural, double-helical DNA modified by a dinuclear platinum(II) organometallic compound in a cell-free medium, JOURNAL OF BIOLOGICAL INORGANIC CHEMISTRY 7, 725-734 [AIS=1.195, IF=3.415 V]
• Palecek, E., Billova, S., Havran, L., Kizek, R., Miculkova, A., Jelen, F. (2002), DNA hybridization at microbeads with cathodic stripping voltammetric detection, TALANTA 56, 919-930 [AIS=0.74, IF=3.29 V]
• Palecek, E. (2002), Past, present and future of nucleic acids electrochemistry, TALANTA 56, 809-819 [AIS=0.74, IF=3.29 V]
• Fojta, M. (2002), Electrochemical sensors for DNA interactions and damage, ELECTROANALYSIS 14, 1449-1463 [AIS=0.615, IF=2.63 V]
• Palecek, E., Jelen, F. (2002), Electrochemistry of nucleic acids and development of DNA sensors, CRITICAL REVIEWS IN ANALYTICAL CHEMISTRY 32, 261-270 [AIS=0.922, IF=2.621 V]
• Brabec, V. (2002), DNA modifications by antitumor platinum and ruthenium compounds: Their recognition and repair, PROGRESS IN NUCLEIC ACID RESEARCH AND MOLECULAR BIOLOGY, VOL 71 71, 1-68 [AIS=2.69, IF=2.29 V]

2001

• Palecek, E., Fojta, M. (2001), Detecting DNA hybridization and damage, ANALYTICAL CHEMISTRY 73, 74A-83A [AIS=1.49, IF=5.214 V]
• Kizek, R., Trnkova, L., Palecek, E. (2001), Determination of metallothionein at the femtomole level by constant current stripping chronopotentiometry, ANALYTICAL CHEMISTRY 73, 4801-4807 [AIS=1.49, IF=5.214 V]

2000

• Kasparkova, J., Farrell, N., Brabec, V. (2000), Sequence specificity, conformation, and recognition by HMG1 protein of major DNA interstrand cross-links of antitumor dinuclear platinum complexes, JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 275, 15789-15798 [AIS=2.223, IF=5.328 V]
• Trantirek, L., Stefl, R., Vorlickova, M., Koca, J., Sklenar, V., Kypr, J. (2000), An A-type double helix of DNA having B-type puckering of the deoxyribose rings, JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 297, 907-922 [AIS=2.051, IF=3.871 V]
• Brabec, V., Neplechova, K., Kasparkova, J., Farrell, N. (2000), Steric control of DNA interstrand cross-link sites of trans platinum complexes: specificity can be dictated by planar nonleaving groups, JOURNAL OF BIOLOGICAL INORGANIC CHEMISTRY 5, 364-368 [AIS=1.195, IF=3.415 V]