Snímek embryonálního myšího srdce z optického tomografu, model kapilár složený z více konfokálních snímků potkaního mozku a snímek mozku bažanta pořízený magnetickou rezonancí.
Oddělení biomatematiky řeší dva tématické okruhy: (1) biologické zobrazování a obrazovou analýzu a (2) biochemii membránových receptorů.
1. Biologické zobrazování a obrazová analýza
zahrnuje výzkum 3D morfologických aspektů fyziologických procesů na mesoskopické, mikroskopické a ultrastrukturální úrovni. Oddělení spolupracuje na řadě takto zaměřených projektů jak v rámci Akademie věd ČR, tak i s jinými pracovišti. Další zájemce o spolupráci vítáme (kontakt: jiri.janacek@fgu.cas.cz).
AKTUÁLNÉ ŘEŠENÉ PROJEKTY
- Vývoj ptačího mozku ve vztahu ke schopnosti létat
- Převodní systém vyvíjejícího se myšího srdce
TÉMATA DLOUHODOBÉHO ZÁJMU
- Vývoj metod 3D analýzy obrazu a stereologických metod včetně implementace (např. původních metod 3D konfokální stereologie použitých pro objemovou analýzu lidských Langerhansových ostrůvků určených k transplantaci)
- Zvyšování obrazového kontrastu optickou cestou (bez barvení vzorků) při mikroskopickém snímání živých buněk a tkání
OSTATNÍ PROJEKTY (výběr)
- Vliv ionizujícího záření na kapilární krevní síť
- Vliv zvýšené koncentrace CO2 na účinnost a ultrastrukturu fotosyntetického aparátu
- Mechanismy zodpovědné za tvorbu extracellulárních bílkovin (kolagen a elastin)
ZOBRAZOVACÍ PROSTŘEDKY A POSTUPY
(původ zkratek viz anglická verze této webové stránky)
- Laserová rastrovací konfokální mikroskopie
- Mikroskopie s dvoufotonovou excitací
- Mikroskopie s buzením druhé harmonické (SHG)
- ‘Bílý‘ laser a hybridní detektory (mikroskop Leica TCS SP8 WLL MP)
- Analýza obnovení fluorescenčního signálu po vysvícení (FRAP), Försterova rezonančního přenosu energie (FRET) a časových konstant fluorescence a fosforescence (FLIM a PLIM), včetně excitačně-emisních spekter (typu λ2)
- Optická projekční tomografie (OPT)
- Mikroskopie využívající osvit tenké vrstvy vzorku (SPIM)
- Mikroskopie s fázovým, modulačním a interferenčním kontrastem
DOSTUPNÉ PROGRAMY A POSTUPY
- Programy pro 3D analýzu obrazu, stereologii a prostorovou statistiku (Amira, Ellipse) rozšířené o původní metody; dekonvoluční programy (Huygens)
- Optické/chemické projasňování pro OPT a SPIM
OTEVŘENÝ PŘÍSTUP K PŘÍSTROJOVÉMU VYBAVENÍ
Oddělení je zapojeno v projektu CzechBioimaging [1] podporujícího otevřený přístup ke svému vybavení a některým dalším přístrojům, např. konfokálnímu mikroskopu s Nipkowovým rotujícím diskem (“Carv II“) [2].
[1] http://www.czech-bioimaging.cz/
[2] http://www.fgu.cas.cz/en/articles/529-czech-bioimaging-2016-2019
(po kliknutí na tento nadpis se otevře podstránka s podrobnými informacemi)
Aktuální projekty
K analýze převodního systému srdečního a jeho vývoje u myší používáme 3D zobrazovací metody a optické mapování.
Více
Pomocí zobrazení s vysokým rozlišením a geometrické morfometrie studujeme vztah anatomie mozku a letových schopností ptáků, abychom umožnili interpretaci paleontologických nálezů neurokranií theropodních dinosaurů.
Více
Vhodnou modifikací optické dráhy mikroskopu je možno živé neobarvené buňky zviditelnit s minimálními náklady.
Více
Úspěchy
Difrakční jevy zodpovědné za tvorbu obrazu v mikroskopu využíváme ke zvýšení účinnosti fázově-kontrastní mikroskopie.
Více
Měření objemu Langerhansových ostrůvků pomocí optické projekční tomografie a metody Fakír
Více
Více
Více
Více
Zobrazit více
Publikace
Vošahlíková, Miroslava - Svoboda, Petr
.
Lithium - therapeutic tool endowed with multiple beneficiary effects caused by multiple mechanisms
.
Acta Neurobiologiae Experimentalis. 2016, roč. 76, 1, p. 1-19
.
IF = 1.708
[ASEP]
Tonar, Z. - Tomášek, P. - Loskot, P. - Janáček, Jiří - Králíčková, M. - Witter, K.
Vasa vasorum in the tunica media and tunica adventitia of the porcine aorta
.
Annals of Anatomy-Anatomischer Anzeiger. 2016, roč. 205, 2016, p. 22-36
.
IF = 1.308
[ASEP]
[
doi
]
Sládková, J. - Spáčilová, J. - Čapek, Martin - Tesařová, M. - Hansíková, H. - Honzík, T. - Martínek, J. - Zámečník, J. - Kostková, O. - Zeman, J.
Analysis of Mitochondrial Network Morphology in Cultured Myoblasts from Patients with Mitochondrial Disorders
.
Ultrastructural Pathology. 2015, Vol. 39, 5, p. 340-350
.
IF = 0.828
[ASEP]
[
doi
]
Jirák, D. - Janáček, Jiří - Kear, B. P.
A combined MR and CT study for precise quantitative analysis of the avian brain
.
Scientific Reports. 2015, Vol. 5, Oct 30, p. 16002
.
IF = 5.228
[ASEP]
[
doi
]
Roubalová, Lenka - Vošahlíková, Miroslava - Brejchová, Jana - Sýkora, Jan - Rudajev, Vladimír - Svoboda, Petr
.
High Efficacy but Low Potency of delta-Opioid Receptor-G Protein Coupling in Brij-58-Treated, Low-Density Plasma Membrane Fragments
.
PLoS ONE. 2015, Vol. 10, 8, e0135664
.
IF = 3.057
[ASEP]
[
doi
]
Fernandez, V. - Buffetaut, E. - Suteethorn, V. - Rage, J. C. - Tafforeau, P. - Kundrát, Martin
.
Evidence of Egg Diversity in Squamate Evolution from Cretaceous Anguimorph Embryos
.
PLoS ONE. 2015, Vol. 10, 7, e0128610
.
IF = 3.057
[ASEP]
[
doi
]
Wilhelm, Jiří - Ivica, Josko - Veselská, Zdeňka - Uhlík, Jiří - Vajner, Luděk
.
Changes in the composition of fatty acids and lipofuscin-like pigments during development of rat heart
.
Physiological Research. 2015, Vol. 64, 5, p. 643-651
.
IF = 1.618
[ASEP]
Michálek, Jan
.
Total Variation-Based Reduction of Streak Artifacts, Ring Artifacts and Noise in 3D Reconstruction from Optical Projection Tomography
.
Microscopy and Microanalysis. 2015, Vol. 21, 6, p. 1602-1615
.
IF = 1.73
[ASEP]
[
doi
]
Kubínová, Lucie - Janáček, Jiří
.
Confocal stereology: an efficient tool for measurement of microscopic structures
.
Cell and Tissue Research. 2015, Vol. 360, 1, p. 13-28
.
IF = 2.948
[ASEP]
[
doi
]
Brejchová, Jana - Sýkora, Jan - Ostašov, Pavel - Merta, Ladislav - Roubalová, Lenka - Janáček, Jiří - Hof, Martin - Svoboda, Petr
.
TRH-receptor mobility and function in intact and cholesterol-depleted plasma membrane of HEK293 cells stably expressing TRH-R-eGFP
.
Biochimica Et Biophysica Acta-Biomembranes. 2015, Vol. 1848, 3, p. 781-796
.
IF = 3.687
[ASEP]
[
doi
]
Zobrazit více
A: Laserový konfokální mikroskop Leica SPE s jednofotonovou excitací. B: Laserový konfokální mikroskop Leica SP2 AOBS MP s jedno- i dvoufotonovou excitací.
