Ústav experimentální medicíny Akademie věd ČR, v.v.i. je uznávaným centrem základního biomedicínského výzkumu v České republice, zvláště v oblasti buněčné biologie a patologie, neurobiologie, neurofyziologie, neuropatologie, vývojové toxikologie a teratologie, molekulární epidemiologie, molekulární farmakologie, imunofarmakologie, výzkumu rakoviny, molekulární embryologie, kmenových buněk a tkáňových náhrad.
Výsledky výzkumu jsou vysoce hodnoceny i na mezinárodní úrovni - svědčí o tom udělený status Centra excellence EU – MEDIPRA, účast pracovníků ústavu v projektech 6. a 7. rámcového programu EU a rozsáhlá domácí a mezinárodní spolupráce. V ústavu pracují zahraniční postgraduální studenti financovaní z grantů EU i ze mzdových prostředků ústavu a jsou podporováni mladí vedoucí skupin. Ústav je zařazen do projektu Evropské unie ENI-NET, který sdružuje excelentní evropské ústavy v oblasti neurověd a je také sídlem komise biomedicíny pro obhajoby titulu DSc. ÚEM má procentuálně největší množství doktorandů z ústavů AV ČR. Výsledkem výzkumu probíhajícím na půdě ústavu jsou již aplikovatelné výsledky v oboru ochrany životního prostředí, neurověd, regenerativní medicíny, farmakologie a diagnostických metod.
V současné době má ústav 10 samostatných vědeckých oddělení a jednu laboratoř.
