Činnost etnomuzikologického oddělení navazuje na tradici institucí, kterými byly Lidová píseň v Rakousku (1905), Státní ústav pro lidovou píseň (1919) a Kabinet pro lidovou píseň (1953). V Ústavu pro etnografii a folkloristiku ČSAV (1954) byla tato činnost v normalizačním období zrušena: tím došlo k přerušení dokumentačních, katalogizačních a badatelských programů. Práce oddělení byla plně obnovena až po roce 1991 a rovnoměrně se soustřeďuje na výzkumnou, ediční, dokumentační a katalogizační činnost. Nejprve byl vypracován inventář ústavních sbírek, poté vytvořen rozsáhlý generální soupis pramenů lidových písní a tanců v Čechách; s podporou nadace Volkswagen Stiftung byl realizován program záchrany sbírkového fondu německých jazykových oblastí (pořízení inventáře, restaurování rukopisů, vytvoření katalogu). V rámci ediční řady Poklady lidové kultury vyšly kritické edice jihočeských vánočních písní a koled (1992), lidových písní z Pelhřimovska (1993), písňových zápisů L. Kuby z Chodska (1995), guberniální sbírky T. A. Kunze (1995), českých písní z ukrajinské Volyně (1997), tzv. písní krátkých J. Jeníka rytíře z Bratřic (1999), písní a říkadel z Úpicka B. Čapkové a K. Kořízka (2002), velikonočních a předvelikonočních koled (2005), vznikla publikace věnovaná studiu tanců v guberniálních sběrech (1996). Další ediční řady, Nejstarší zvukové záznamy lidové hudby v Čechách, Podoby evropské lidové hudby a Historické prameny lidové hudby v Čechách, jsou zaměřené na vydávání zvukových nosičů: Dudy a dudácká muzika; Irské dudy – Patrick Martin; Lidová hudba ve sbírkách EÚ AV ČR; Písně krátké i dlouhé. Součástí činnosti oddělení je také etnochoreologické studium s pravidelnými pracovními semináři (sborník Tanec – záznam, analýza, pojmy). Průběžně jsou realizovány databáze (zaměřené na analýzu) struktury českého písňového typu, tištěných zpěvníků společenských a dalších písní, lidového tanečního projevu a jeho prostředí, ikonografických pramenů a taneční bibliografie. Pracovníci oddělení jsou členy redakce Národopisné encyklopedie Čech, Moravy a Slezska.