Ekonomický úsek zajišťuje pro SSČ komplexní finanční řízení ekonomiky SSČ.

V rámci oddělení controllingu a rozpočtů sestavuje rozpočty provozních a investičních prostředků, analyzuje čerpání rozpočtů, identifikuje případná rizika a navrhuje opatření směřující k řešení zjištěných odchylek.
Finanční oddělení vede účetnictví, daňovou agendu a komplexní evidenci majetku. Odpovídá za formální správnost všech účetních dokladů. Spravuje bankovní účty a komunikuje s partnerskými bankami. Připravuje podklady pro audit a daňového poradce. Komunikuje se zřizovatelem v oblasti rozpočtových opatření a předávání povinných výstupů a výkazů. Spolupracuje s projektovými manažery při kontrolní činnosti na projektech a vede odděleně jejich účetnictví.

Pro pracoviště AV ČR zajišťuje centralizovaný nákup energií prostřednictvím Českomoravské komoditní burzy v Kladně.