Chování vícefázových systémů za superambientních podmínek
(2002-2006, J. Drahoš, I. Wichterle, podporovaný 5. rámcovým programem EU, BEMUSAC-NAS2 Ref. G1MA-CT-2002-04019)
Vedení pracovní skupiny EFCE MFF
(2003-2006, J. Drahoš, INGO projekt, podporovaný MŠMT ČR, projekt LA 178)
Reakční a transportní jevy ve složitých homogenních a heterogenních systémech
(2003-2007, J. Drahoš, společný projekt s VŠCHT Praha, podporovaný GA ČR, grant č. GD104/03/H141)
Hydrodynamika plyno-kapalinových reaktorů na různých délkových měřítkách
(2004-2006, M. Růžička, společný projekt s VŠB Ostrava, podporovaný GA ČR, grant č. GA104/04/0827)
Dynamika směrově citlivých čidel tření pro elektrodifúzní diagnostiku proudění v reologicky komplexních kapalinách
(2004-2006, O. Wein, společný projekt s ÚH AV ČR, podporovaný GA ČR, grant č. GA104/04/0826)
Studium struktury přístěnné turbulence toku v kanále za náhlým rozšířením
(2004-2006, J. Tihon, podporovaný GA ČR, grant č. GA101/04/0745)
Hydrodynamické interakce bublin a částic ve flotačním procesu
(2005-2007, M. Růžička, společný projekt s VŠCHT Praha, podporovaný GA ČR, grant č. GA104/05/2566)
Kolizní dynamika bubliny a tuhé částice v kapalině
(2005-2007, J. Havlica, podporovaný GA ČR, grant No. GA104/05/P554)
Studie růstu bublin při varu
(2005-2007, J. Vejražka, podporovaný GA ČR, grant No. GA104/05/P229)
Procesy v chemické technologii integrující klasické aparáty s mikrostrukturovanými jednotkami
(2005-2009, J. Hanika, V. Jiřičný, J. Drahoš, 6. rámcový program, integrační projekt, podporovaný EU pod kont. č.: NMP2-CT-2005-011816-2)
Studie nerovnoměrnosti rozložení zádrže plynu v aerovaných nádobách s volným pohybem bublin - rozšíření předešlé analýzy
(2006-2007, M. Fialová, bilaterální spolupráce s Institute of Chemical Engineering, Sofie, Bulharsko)
Kontinuální kvašení nealkoholického piva
(2006-2008, M. Růžička, společný projekt s VŠCHT Praha, podporovaný GA ČR, grant č. GA104/06/1418)
Vliv velikosti bublin na stabilitu homogenní probublávané vrstvy
(2006-2008, M. Večeř, podporovaný GA ČR, grant č. GA104/06/P287)
Aplikace elektrodifúzních senzorů pro průtokovou diagnostiku v mikrokanálech
(2007, J. Tihon, podporovaný ÚCHP)
Vývoj mikrobublinkové kapalinové komory pro tkáňový bioreaktor
(2007-2008, M. Růžička, společný projekt s Kyushu University, Japonsko, podporovaný MŠMT ČR, KONTAKT projekt č. ME 952)
Výzkum malo-struktury systémů plyn-kapalina pomocí optického čidla
(2007-2008, M. Růžička, společný projekt s LEGI Grenoble, Francie, podporovaný AV ČR a CNRS Francie, projekt č. 11-20213)
Předsednictví Evropské federace chemického inženýrství
(2007-2010, J. Drahoš, podporovaný MŠMT ČR, INGO projekt č. LA319)
Hydrodynamika a transportní jevy ve vícefázových soustavách: od mikroměřítka k makroměřítku
(2007-2011, M. Růžička, podporovaný GA ČR, grant č. GA104/07/1110)
Hydrodynamické pojetí tvorby stromataktů v geologii
(2007-2011, M. Růžička, podporovaný GA AVČR, grant č. IAAX00130702)
CFD-RANS podporované předpovědi pro růstové podmínky v bioreaktorech
(2008, M. Fialová, bilaterální spolupráce s Institute of Chemical Engineering AV, Sofie, Bulharsko)
Analýza hydrodynamických sil působících na bubliny prostřednictvím PIV měření
(2008-2010, J. Vejražka, podporovaný GA AV ČR, grant č. IAA200720801)
Hydrodynamika vzájemného působení bublin a částic v proudu kapaliny
(2008-2010, M. Zedníková, podporovaný GA AV ČR, grant č. KJB200720801)
Vliv povrchové drsnosti, ohmického odporu a elektrodové kinetiky na autokalibraci elektrodifúzních čidel tření
(2008-2010, O. Wein, podporovaný GA ČR, grant č. GA104/08/0428)
Transportní a reakční procesy v komplexních vícefázových systémech
(2008-2011, J. Drahoš, podporovaný GA ČR, grant č. GA104/08/H055)
Přístěnné efekty při toku mikrodisperzních kapalin: zdánlivý skluz a elektrokinetický potenciál
(2009-2011, O. Wein, podporovaný GA ČR, grant č. GA104/09/0972)
Stanovení účinnosti koalescence bublin v kapalinách
(2009-2011, S. Kordač Orvalho, podporovaný GA ČR, grant č. GA104/09/P255)
Dynamika tvorby bublin na ponořených otvorech: Simultánní tvorba a synchronní režimy
(2009-2011, P. Stanovský, podporovaný GA AVČR, grant č. KJB200720901)