Knihovna Masarykova ústavu a Archivu AV ČR
Na základě Věnovací listiny vznikla v roce 1932 nadace Ústavu T.G. Masaryka (dále jen ÚTGM). Prezident tak daroval svoji soukromou knihovnu, archiv a sbírku darů, tzv. muzeum. Základem knihovny byla tzv. knihovna profesorská, která při svém převedení do ÚTGM čítala asi 70.000 svazků. Tento počet byl později doplňován pravidelnými nákupy, dary zahraničních knihoven a soukromými odkazy. Celek představoval jedinečnou kuturní hodnotu: soustřeďovala se zde literatura ze všech vědních oblastí, jimž Masaryk věnoval pozornost. Knihovna se tak postupně stala studijní knihovnou prezidentskou dle amerických vzorů, dochovaných v této podobě až dodnes .
Také zakoupené či darované soukromé knihovny významných osobností 1. republiky (E. Rádl, V. K. Škrach), často s unikátními individualizujícími prvky, se postupně staly cenným studijním materiálem. Naprosto zásadním průlomem do akvizice jak početně, tak z hlediska hodnoty fondu byla však koupě soukromé knihovny Rudolfa Hirsche v roce 1938. Sbírka fenomenálního sběratele, žáka a sekretáře Franze Brentana čítala cca 60.000 svazků, z toho 9-10.000 starých tisků nejširšího tématického záběru včetně věd přírodních. MÚA AV ČR je tak dnes navíc správcem historického fondu nejpočetnějšího ze všech ústavů AV ČR, který svojí unikátností převyšuje parametry českých sbírek vůbec.
V roce 1941 byl ÚTGM z příkazu gestapa zrušen, po válce se několikrát stěhoval se všemi svými knižními i archivními fondy do stále se zhoršujících podmínek a v roce 1954 bylo rozhodnuto o jeho úplné likvidaci. Počet zapsaných knihovních jednotek tehdy dosáhl počtu více než 200 000. Fondy byly rozděleny mezi Ústav dějin KSČ (Masarykův archiv a nejcennější, tzv. profesorská část knihovny), Univerzitní knihovnu a Základní knihovnu Československé akademie věd.
Teprve v 90. letech 20. století se knihy začaly vracet k novému správci, dědici ÚTGM, Masarykovu ústavu AV ČR (dále jen MSÚ), a to ve stavu, který naprosto nedovoloval jeho další badatelské využití. Původní organizace obrovského celku se ztratila a protože ke knihovně neexistuje použitelný katalog, i její současný počet lze jen odhadnout (cca 160 000 svazků).
V roce 2006 se Masarykův ústav sloučil s Archivem Akademie (dále jen MÚA) se sídlem v Gabčíkově ulici č. 10 v Praze 8. V rámci ústavu tak fungují (spojeny jen volně) dvě knihovny: knihovna Masarykova ústavu AV ČR (Na Florenci, Praha 1 ) a knihovna Archivu AV ČR (Gabčíkova ulice, Praha 8).