Fibrolytický komplex enzymů některých bachorových bakterií a hub je vázán na celulosomy, které obsahují endocelulasy, celobiohydrolasy, xylanasy a další doprovodné hemicelulasy. U některých bakterií je vazba celulas na substrát umožněna žlutým afinitním barvivem (Yellow Affinity Substance). Funkci a význam jednotlivých složek těchto komplexů jsme popsali. Při studiu bakterií produkujících butyrát v bachoru se nám podařilo popsat dva nové zajímavé a významné druhy motilních bakterií: Butyrivibrio hungatei a Pseudobutyrivibrio xylanivorans a podíleli se na popisu Butyrivibrio proteoclasticus . Tyto druhy jsou zástupci hemicelulolytických bakterií. Současný projekt  7FP Ruminomics  n

ám umožňuje mapovat genomy   butyrát produkujících bakterií a vyvíjet metodiky pro snižování produkce metanu v předžaludcích. Vedle toho jsme se podíleli na vývoji transformačního systému pro anaeroby, který je využíván pro degradaci rostlinného fluoroacetátu. Podařilo se nám popsat bakteriální chitinolytickou populaci v bachoru přežvýkavců i u lidí. Jejich studium bylo podpořeno evropským grantem 6FP Chitosanperos. V rámci studia probiotik jsme studovali izoláty rodu Bifidobacterium a jejich kolonizaci trávicího traktu u novorozeňat a telat. Kolonizaci jsme sledovali i u některých druhů sociálního hmyzu. Zmapovali jsme mikrobiom čmeláků, včel, vos a švábů v celé ČR. Popsali jsme při tom nové druhy bakterií(B. bombi, B. bohemicum, B. actinicoloniformis) a nový rod Bombiscardovia. (Bombiscardovia coagulans).

Kromě bakterií se na utilizaci krmiva v bachoru podílejí i anaerobní houby. Tyto unikátní organizmy se vyskytují jen v trávicím traktu býložravců a jejich celulasy vykazují nejvyšší specifické aktivity celulas v přírodě. Izolace anaerobních hub jsme prováděli z tráveniny domácích, divokých i odchycených (ZOO) býložravců. Mnohé kmeny vykazovaly aktivity fibrolytických enzymů, které by bylo možno využít v biotechnologiích. Studium jejich DNA ukazuje, že stávající taxonomie je nedokonalá.

Metabolismus a působení anaerobních bakterií  studujeme i v mikrobiálním ekosystému tlustého střeva člověka. Změny mikrobiální populace v tomto prostředí mohou vést nebo jsou příznakem některých zánětlivých onemocnění případně i karcinomu 

střeva. Přesto doposud neznáme více než 50% druhů bakterií této ekologické niky. Proto studujeme vývoj, stabilitu a možnosti ovlivňování mikrobiální populace u různých typů zvířat. Spolupracujeme s podobnými pracovišti v Británii, Slovinsku, Slovensku, Argentině, Egyptě i Japonsku. 

Na podporu našich kontaktů organizujeme od roku 1998 mezinárodní symposia o anaerobní mikrobiologii ISAM. Příští ISAM9 bude v červnu 2015 v Portoroži. 

Adresa:
ÚŽFG AV ČR, v.v.i.
Sekce biologických základů kvality a bezpečnosti potravin
Laboratoř anaerobní mikrobiologie
Vídeňská 1083
142 20 Praha 4 - Krč