Fyzikální chemie

Teoretický model biochemických reakcí může poskytnout spolehlivé informace o chemii katalytického procesu. Tento project je zaměřen na modelování klíčových parametrů nově navrženého mechanismu pro odštěpení poškozené báze enzymem hOGG1 (human 8-oxoG glycosylase 1). Ačkoli krystalová struktura komplexu DNA-hOGG1 je známa od roku 2003, katalytický mechanizmus není dosud uspokojivě vyřešen. Náš předchozí výzkum prokázal existenci nového strukturního faktoru DNA a RNA nukleosidů – pyramidální geometrii glykosidického dusíku (Nucleic Acids Research 37, 7321, 2009). Pyramidalizace 8-oxoG deponovaného v katalyticky aktivním místě hOGG1 dovoluje odštěpení báze mechanizmem, který má extrémě nízkou aktivační bariérou a který je navíc selektivní vzhledem k poškozené a normální G bázi. Mechanizmus využívající aktivaci substrátu ve formě vynucené pyramidalizace představuje novou strategii, která nebyla dosud popsána ve skupině tzv. BER (Base Excision Repair) enzymů. Teoretické modelování bude prováděno ve spolupráci s experimentální laboratoří Prof. Yoshyiuki Tanaka, Tohoku University, Sendai, Japonsko.

Kontact: vladimir.sychrovsky@uochb.cas.cz, tel. +420 220 183 234.