Organická chemie

Antimikrobiální peptidy představují novou naději v boji proti resistentním patogenním bakteriím. Řada nových antimikrobiálních peptidů byla objevena v naší laboratoři. Jedná se především o lineární amfipatické α-helikální peptidy. Jednou z možností jak stabilizovat tuto specifickou konformaci peptidů a zároveň zvýšit jejich odolnost vůči proteolytické degradaci je „side chain-to-side chain“ cyklizace. Disertační práce bude zaměřena na syntézy těchto cyklických antimikrobiálních peptidů pomocí: (1) intramolekulární „click reaction“ spočívající na Cu(I) katalyzované reakci mezi postranními řetězci ω-azido a ω-alkynyl aminokyselin inkorporovaných do peptidové řetězce, vedoucí k tvorbě mostu obsahujícího 1,4-disubstituovaný[1,2,3]triazol.  (2) použitím metody „hydrocarbone stapling“ využívající „ring-closing olefin metathesis“ katalyzovanou Grubbsovým katalyzátorem. Práce bude také zahrnovat testování antimikrobiální aktivity a studium prostorové struktury cyklických peptidů pomocí biofyzikálních metod.