Organická chemie

Michal Hocek

Budou připravovány nové nukleosid trifosfáty (dNTP) s modifikovanými bázemi a studovány jejich polymerasami katalyzované inkorporace do oligonukleotidů a DNA. Budou zaváděny různě velké modifikace do polohy 7 u deazapurinů a do polohy 5 u pyrimidinů. Bude studována interakce těchto modifikovaných DNA sekvencí s RNA polymerasami a transkripčními faktory a vliv modifikace na regulaci transkripce. V pozdějším stádiu budou studovány bioorthogonální reakce pro transformace či odstraňování modifikací a tím zapínání transkripce. Spolupráce s Dr. L. Krásným (MBU AVČR).

Klíčové citace:
1. Macíčková-Cahová, H.; Hocek, M. " Cleavage of adenine-modified functionalized DNA by type II restriction endonucleases" Nucleic Acids Res. 2009, 37, 7612-7622.
2. Kielkowski, P.; Macíčková-Cahová, H.; Pohl, R.; Hocek, M. "Transient and switchable (triethylsilyl)ethynyl protection of DNA against cleavage by restriction endonucleases" Angew. Chem. Int. Ed. 2011, 50, 8727-8730.