ÚvodPh.D. studium na ÚOCHBArchiv - 2011Organická chemie

Organická chemie

Školitel Doc. Ing. Michal Hocek, DSc.
Skupina Michal Hocek
Téma Konstrukce funkcionalizovaných nukleových kyselin nesoucích vybrané reaktivní funkční skupiny
Fakulta FCHT / FPBT VŠCHT, PřF UK
Anotace

Budou studovány polymerasami katalyzované syntézy oligonukleotidů a nukleových kyselin (DNA nebo RNA) modifikovaných na bázi pomocí inkorporací modifikovaných nukleosid trifosfátů (NTP). Výchozí NTP budou připravovány vodnými cross-coupling reakcemi. Modifikace na bázi budou zaměřeny na chemicky reaktivní skupiny pro biokonjugace (např. tvorba cross-linků s proteiny). Rovněž budou studovány další post-syntetické chemické modifikace funkcionalizovaných nukleových kyselin. Potenciální aplikace zahrnují bioanalýzu, diagnostiku a chemickou biologii.

Klíčové citace:
1. Raindlová, V.; Pohl, R.; Šanda, M.; Hocek, M. "Direct polymerase synthesis of reactive aldehyde-functionalized DNA and its conjugation and staining with hydrazines" Angew. Chem. Int. Ed. 2010, 49, 1064-1066.
2. Macíčková-Cahová, H.; Hocek, M. " Cleavage of adenine-modified functionalized DNA by type II restriction endonucleases" Nucleic Acids Res. 2009, 37, 7612-7622.
3. Cahová, H.; Havran, L.; Brázdilová, P.; Pivoňková, H.; Pohl, R.; Fojta, M.; Hocek, M. "Aminophenyl- and Nitrophenyl-Labeled Nucleoside Triphosphates. Synthesis, Enzymatic Incorporation and Electrochemical Detection" Angew. Chem. Int. Ed. 2008, 47, 2059-2062.