Univerzita Karlova každoročně oceňuje své vynikající studenty Cenami rektora UK. Pro studenty přírodovědných oborů připadá v úvahu Cena prof. RNDr. Jaroslava Heyrovského. V tomto roce ji rektor UK prof. Václav Hampl udělil i mgr. Janu Fílovi, který pracuje v Laboratoři biologie pylu ÚEB.

28. června 2012: Docent Jaroslav Doležel získal Akademickou prémii – nejvýznamnější ocenění udělované Akademií věd ČR. Cenu převzal za svůj mezinárodně uznávaný výzkum genetické informace rostlin.

21. května 2009: Doktor Jan Bartoš z naší olomoucké laboratoře získal Prémii Otto Wichterleho, kterou uděluje Akademie věd ČR svým mimořádně talentovaným vědcům mladším než 35 let. Doktor Bartoš je expertem na genomiku. Co tento vědní obor vlastně zkoumá?

4. května 2009: Vědu nedělají jen vědci. Badatelé se neobejdou bez pomoci laborantek, knihovníků, techniků a dalších profesí. Akademie věd ČR si práce těchto lidí váží. Letos ocenila naši dlouholetou kolegyni, paní Blanku Čermákovou. Naprosto zaslouženě.

18. listopadu 2008: Mezi laureáty Cen Josefa Hlávky pro talentované studenty a mladé badatele jsou letos dva studenti pražských vysokých škol, kteří na svém výzkumu pracují v ÚEB. Bc. Petr Hošek byl oceněn za průkopnický matematický model popisující tok klíčového rostlinného hormonu buňkou. Ing. Hana Svobodová (na snímku) získala cenu za syntézu nových látek, které mohou pomoci v boji se škodlivým hmyzem.

13. května 2008: Bývalá ředitelka našeho ústavu, doktorka Ivana Macháčková, obdržela Medaili za zásluhy Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy. Převzala ji dnes od děkana fakulty, profesora Pavla Kováře.

21. dubna 2008: Renomovaný chemický časopis Journal of Chromatography ocenil práci doktorů Petra Dobreva a Miroslava Kamínka. Jednu z jejich publikací zařadil mezi nejcitovanější články z let 2002 až 2007.

28. února 2008: Náš kolega, docent Jan Krekule, v krátké době již podruhé „zabodoval“. Dnes mu byla v Karolinu předána Stříbrná medaile Univerzity Karlovy v Praze. Získal ji za celoživotní vědeckou činnost a popularizaci experimentální biologie rostlin.

29. ledna 2008: Docent Jan Krekule, dlouholetý pracovník našeho ústavu a vynikající popularizátor rostlinné biologie, získal za svou popularizační práci prestižní ocenění - medaili Vojtěcha Náprstka, kterou uděluje Akademie věd České Republiky.

26. listopadu 2007: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy udělilo Medaili I. stupně doktoru Janu Petráškovi z Ústavu experimentální botaniky. Doktor Petrášek zkoumá, jak je řízen pohyb hormonu auxinu rostlinným tělem. Jde bez přehánění o horké téma dnešní biologie.