Institucionální spolupráce
Spolupráce s vysokými školami
Pracovníci NHÚ kromě již zmíněné úzké spolupráce s Centrem pro ekonomický výzkum a doktorská studia Univerzity Karlovy přednášejí nebo vedou semináře či magisterské a doktorské práce i na dalších vysokých školách. Ze zahraničních to jsou např. University of Michigan, University of California, Lublaňská univerzita, Ekonomická univerzita Bratislava, Goethe University Frankfurt,a z domácích např. Fakulta sociálních věd UK, Matematicko-fyzikální fakulta UK, Vysoká škola ekonomická, nebo Vysoká škola ekonomie a managementu, Grantový fond VŠEM. Spolupráce NHÚ s vysokými školami se neomezuje pouze na tyto formy. Kromě členství ve vědeckých radách vysokých škol tak např. s Fakultou humanitních studií UK spolupracuje NHÚ na organizaci a výuce v rámci programu Středoevropská studia (kurzy magisterské a pokročilé bakalářské úrovně), s dalšími vysokými školami (jak v zahraničí, tak v ČR), spolupracujeme na společných grantových projektech.
Spolupráce s dalšími institucemi
Od svého vzniku rozvíjí NHÚ spolupráci s řadou dalších akademických a vědeckých pracovišť v České republice i v zahraničí a s dalšími institucemi.
V rámci ekonomického výzkumu NHÚ spolupracuje nebo spolupracoval např. s Ministerstvem financí, Ministerstvem práce a sociálních věcí, Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy, Ministerstvem životního prostředí (členství v poradním sboru pro ekonomii), Technologickým centrem AV ČR, Francouzským centrem pro výzkum v sociálních vědách (CEFRES), a s dalšími centrálními úřady a orgány státní správy, jako jsou Český statistický úřad a Česká národní banka. V oblasti výzkumu NHÚ kooperuje též se Sociologickým ústavem AV ČR nebo například s Českou společností ekonomickou a obdobnými profesními sdruženími. Co se týče spolupráce s mezinárodními institucemi, pracovníci NHÚ se podíleli na expertízách Světové banky, NBER, OECD, apod. Knihovna CERGE-EI úzce spolupracuje v oblasti zpřístupňování elektronických informačních zdrojů s Univerzitou Karlovou v Praze a s Vysokou školou ekonomickou. Dále rozvíjí spolupráci s Institutem pro průmyslový a finanční management, Vysokou školou ekonomie a managementu a v neposlední řadě s Národní knihovnou jako garantem odborných národních aktivit.
K okruhu zahraničních pracovišť s užší vazbou patří především University of Michigan, Hunter College – City University of New York, Center for Economic Policy and Research, London, London School of Economics, Bonn University, Central European University, Budapešť, University of California (Berkeley), University College Dublin, University of Mannheim, Cardiff University, Stanford University, Universitat Pompeu Fabra, Autonomous University of Barcelona, Slovenská akademie věd, Athens University of Economics and Business, University of Chicago a Princeton University. Důležitá spolupráce též probíhá v rámci 6. a 7. rámcového programu EU, kde komunikujeme s dalšími více než 50 ústavy a univerzitami v celé EU. Dále byly prohloubeny kontakty s institucemi v okolních zemích, zejména v rámci aktivit „Network of Excellence“ Dynamics of Institutions and Markets in Europe (DIME) a konsorcia The European Network of Economic Policy Research Institutes (ENEPRI).
Od roku 1999 je CERGE-EI reprezentantem východoevropské regionální sítě Global Development Network (GDN). GDN se skládá z devíti mezinárodních sítí, má nezávislý sekretariát ve Washingtonu, D.C., a je otevřenou sítí politických a výzkumných institucí z celého světa, které se snaží podporovat tvorbu, sdílení a aplikaci znalostí rozvoje na politiku.