Společné pracoviště CERGE-EI
Národohospodářský ústav plní své úkoly v úzké spolupráci s Centrem pro ekonomický výzkum a doktorské studium (dále jen CERGE, což je zkratka anglického názvu Center for Economic Research and Graduate Education) Univerzity Karlovy. První dohoda o spolupráci byla podepsána již v roce 1993, druhá v roce 1995. Spolupráce obou institucí se nadále prohlubovala a v roce 1999 došlo k vytvoření CERGE-EI (EI je zkratkou anglického názvu Národohospodářského ústavu, Economics Institute) jako společného pracoviště Akademie věd ČR, Národohospodářského ústavu a Univerzity Karlovy. Stávající smlouva o CERGE-EI jako společném pracovišti Univerzity Karlovy a Národohospodářského ústavu AV ČR byla podepsána v roce 2009.
Vedle výzkumné spolupráce na národní a mezinárodní úrovni se ústav podílí na výchově výzkumníků v rané fázi jejich vědecké kariéry. Ústav ve spolupráci s CERGE UK a Fakultou sociálních věd UK uskutečňuje doktorský studijní program Ekonomie a ekonometrie. Studijní program je určen širokému spektru studentů, nejen českým, ale i zahraničním, zejména ze zemí střední a východní Evropy, včetně zemí bývalého Sovětského svazu a středoasijských republik. Dále CERGE-EI na základě „absolute charter“ udělené Radou regentů státu New York udílí i tituly Ph.D. a M.A. in Economics a M.A. in Applied Economics, plně uznávané v USA.
Specifickou funkci v dohledu nad společným pracovištěm CERGE-EI vykonává mezinárodní Výkonný a dozorčí výbor CERGE a NHÚ, jmenovaný společně rektorem Univerzity Karlovy v Praze a předsedou AV ČR. .