Operační program: OPPK (Operační program Praha Konkurenceschopnost)
Prioritní osa: 3 - Inovace a podnikání
Oblast podpory: 3.1 - Rozvoj inovačního prostředí a partnerství mezi základnou výzkumu a vývoje a praxí
Číslo výzvy: 11
Číslo projektu: CZ.2.16/3.1.00/21528
Doba trvání projektu: 1. leden 2014 – 30. září 2014

Výše investičních způsobilých výdajů nepřesáhne 13 902 900 Kč.

Projektový tým funguje ve složení:
• Ing. Martin Kvíz - Manažer projektu,
• Ing. Jan Prokšík – Finanční manažer,
• MUDr. Radim J. Šrám, DrSc. - Odborný garant

Cílem projektu je vybavit nově vznikající pracoviště Výzkumné centrum genomiky a proteomiky technologií v podobě:
• Systému pro sekvenování nové generace a provádění čipové analýzy,
• Sestavy pro měření koncentrace proteinů v suspenzní proteinové eseji
• Automatického sběrače velkého počtu vzorků buněk.

Účelem pořízení nové technologie je světová excelence a multioborové zaměření nově vznikajícího pracoviště „Výzkumné centrum genomiky a proteomiky“ v rámci ÚEM AV ČR, které bude řešit specifické výzkumné úkoly související s působením znečišťujících látek v ovzduší na lidský genetický materiál a lidské zdraví.

11. 5. 2017 – Průběžná informace o realizaci projektu

Technologie pořízené v rámci Výzkumného centra genomiky a proteomiky jsou pravidelně využívány pro řešení výzkumných úkolů Ústavu experimentální medicíny AV ČR, v.v.i. (ÚEM AV ČR) i spolupracujících institucí. Mezi grantové projekty, v nichž je vybavení Výzkumného centra využíváno, patří zejména úkoly Grantové agentury ČR (Studium procesů spojených s peroxidací lipidů v modelových lidských buněčných liniích, 16-14631S; Centrum studia toxických vlastností nanočástic, P503/12/G147; Mechanismy toxicity pevných emisí z biopaliv, 13-01438S; Dopady znečištění ovzduší na genom novorozenců, 13-13458S) a Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy ČR (Genomika a proteomika při studiu mechanismů biologických účinků vyráběných nanočástic, LO1508; velká infrastruktura MŠMT: Nanomateriály a nanotechnologie pro ochranu životního prostředí a udržitelnou budoucnost, LM2015073, http://www.nanoenvicz.cz/cs/about-us). Zejména projekt velké infrastrutury umožňuje využít technologií Výzkumného centra při spolupráci jak s domácími, tak se zahraničními odbornými institucemi.

Dále jsou stručně uvedeny výsledky některých studií, v nichž bylo vybavení Výzkumného centra v posledních dvou letech využito.

Změny genové exprese v modelových buněčných liniích po aplikaci polycyklických aromatických uhlovodíků, jejich nitro-derivátů a extraktů z motorových emisí získaných v laboratorních podmínkách byly hodnoceny s využitím systému iScan. Výsledky umožnily identifikovat skupiny genů, biologických procesů a drah, jejichž exprese je zvýšena, nebo snížena jako odpověď po působení testovaných látek. Získaná data byla následně využita pro popis mechanismů spojených s reakcí modelových systémů na působení testovaných látek. Výsledky byly publikovány ve dvou článcích v International Journal of Molecular Sciences (Rossner Jr. et al., Int. J. Mol. Sci. 2016, 17, 1393; Libalova et al., Int J Mol Sci 2016, 17, 1833).

Analýza exprese vybraných transkriptů a indukce alternativního sestřihu po inhalační expozici oxidu zinečnatému byla provedena u experimentálních myší. Genová exprese byla hodnocena v plicní tkáni, přičemž byla využita technologie sekvenování nové generace (systém MiSeq) doplněná o detekci transkripčních variant studovaných genů relevantních k biologické odpovědi organismu po působení nanočástic.

Vliv odlišných podmínek životního prostředí na genovou expresi byl studován u novorozenců a jejich matek pocházejích z lokalit s odlišnou úrovní znečištění ovzduší (Karviná, České Budějovice). Pro analýzu změn hladin genové exprese byl využit systém iScan. Získaná data umožnila popsat rozdíly v odpovědi organismu vyvolané odlišnými podmínkami prostředí, včetně hodnocení biologických procesů a drah.

Studie vlivu různých typů nanočástic (oxidu titaničitého, oxidu zinečnatého, oxidu křemičitého, stříbra) v modelovém systému lidských monocytů se kromě jiného zaměřuje na analýzu diferenciální genové exprese s využitím systému iScan. Studie je dále doplněna hodnocením parametrů imunitní odpovědi a poškození DNA.

Při testech biokompatibility nanovlákenných systémů funkcionalizovaných krevními deriváty in vitro na vybraných buněčných typech (lidské mesenchymální kmenové buňky, myší fibroblasty, myší keratynocyty) a následné optimalizaci kultivačních podmínek byla kromě jiného studována diferenciace buněk s využitím technologie XMAP (systém Bio-Plex).

Výsledky výše uvedených studií jsou připravovány k publikací v zahraničních odborných časopisech.

Automatický sběrač buněk, další systém pořízený v rámci Výzkumného centra, je rutinně využíván Oddělením transplantační imunologie i dalšími pracovišti ÚEM AV ČR k vyhodnocování proliferace myších a lidských leukocytů periferní krve a ke stanovování proliferace mesenchymálních kmenových buněk.Výsledky těchto studií byly publikovány v řadě odborných časopisů (Heřmánková et al., Immunobiology 2016, 221, 129; Čejka et al., Oxid. Med. Cell.Longev., Volume 2016, ID5843809, 2016; Trošan et al., Stem Cells Dev. 2016, 25, 874; Holáň et al., Stem Cell Rev. 2016 12, 654.

Tisková zpráva