2007

 

Efektivní konstrukce funkcionalizovaných oligonukleotidů a DNA duplexů pomocí cross-coupling reakcí nukleosid trifosfátů následovaných inkorporacemi DNA polymerázou

Byla vypracována a publikována nová efektivní metodika cross-coupling reakcí volných (nechráněných) halogenovaných nukleosid trifosfátů ve vodě. Tato přímá jednokroková metoda umožňuje rychlou a efektivní přípravu modifikovaných dNTP nesoucích různé typy aryl a alkynyl substituentů. Inkorporace těchto dNTP pomocí DNA polymeras metodou primer extension následovaná denaturací a separací umožňuje izolaci oligonukleotidu nesoucího několik modifikací. Inkorporace metodou PCR vede k DNA duplexu s vysokou hustotou modifikací. Kombinace vodných cross-coupling reakcí dNTP s enzymatickou inkorporací tedy umožňuje konstrukci funkcionalizovaných DNA v pouhých 2 krocích. Takto byly připraveny např. oligonukleotidy nesoucí aminokyselinové zbytky a oligonukleotidové sondy nesoucí ferrocenové nebo nitro- a aminofenylové značky pro elektrochemickou detekci a bioanalytické využití.

Significant results 2007-1


Čapek P., Cahová H., Pohl R., Hocek M., Gloeckner C., Marx A.:
An Efficient Method for the Construction of Functionalized DNA Bearing Amino Acid Groups through Cross-Coupling Reactions of Nucleoside Triphosphates Followed by Primer Extension or PCR.
Chemistry - A European Journal 13: 6196-6203, 2007.

Brázdilová P., Vrábel M., Pohl R., Pivoňková H., Havran L., Hocek M., Fojta M.:
Ferrocenylethynyl Derivatives of Nucleoside Triphosphates: Synthesis, Incorporation, Electrochemistry and Bioanalytical Applications.
Chemistry - A European Journal 13: 9527-9533, 2007.

Cahová H., Havran L., Brázdilová P., Pivoňková H., Pohl R., Fojta M., Hocek M.:
Aminophenyl- and Nitrophenyl-Labeled Nucleoside Triphosphates: Synthesis, Enzymatic Incorporation, and Electrochemical Detection.
Angewandte Chemie International Edition 47: 2059-2062, 2008.

 


 

2D-Elektroforetická analýza proteinů nové linie lidských buněk EM-G3 reprezentujících zárodečné buňky karcinomu prsu

Rakovina prsu je jedním z nejčastějších rakovinných onemocnění. Navzdory výrazným pokrokům v léčbě a prevenci počet nových případů onemocnění neklesá a neklesá ani procento úmrtí pacientek v souvislosti s nádory prsu. Předpokládá se, že se rakovinné buňky vyvíjejí již velmi dlouho před formováním vlastního nádoru z takzvaných zárodečných buněk, nebo-li progenitorů. V nedávné době se spolupracovníkům z Ústavu molekulární genetiky AV ČR podařilo vyvinout novou nesmrtelnou buněčnou linii EM-G3, vypěstovanou z buněk infilrujícího duktálního karcinomu prsu. Tato linie vykazuje některé znaky typické pro zárodečné buňky, například schopnost diferenciovat a vytvářet zárodky mléčné žlázy. V naší proteomické studii jsme použili 2D-elektroforézu a hmotnostní spektrometrii pro porovnání proteinů této nové buněčné linie EM-G3 s proteiny normálních buněk mléčné žlázy (NME) a pro identifikaci proteinů charakterizujících zdravé či rakovinné buňky. Podařilo se nám určit identitu některých proteinů typických pro buňky linie EM-G3 a zároveň i proteiny vyskytující se pouze v normálních buňkách mléčné žlázy. Tato studie by mohla napomoci při včasné diagnóze rakoviny prsní žlázy.

 

Significant results 2007-2


Selicharová I., Smutná K., Šanda M., Ubik K., Matoušková E., Buršíková E., Brožová M., Vydra J., Jiráček J.:
2-DE analysis of a new human cell line EM-G3 derived from breast cancer progenitor cells and comparison with normal mammary epithelial cells.
Proteomics 7: 1549-1559, 2007.

 


 

Velký proces - malý model: tříatomový Ag2O+ + Ethylen

Ionizace elektrosprejem vodného roztoku dusičnanu stříbrného vede k vytvoření tříatomového kationu Ag2O+ v plynné fázi. Reakce hmotnostně vybraného kationtu Ag2O+ s ethylenem při pokojové teplotě poskytuje ethylenoxid. Transformace ethylenu na ethylenoxid pomocí katalyzátoru založeném na stříbře je důležitý technický proces prováděný ve velkém měřítku a na plynný kation Ag2O+ můžeme nahlížet jako na nejmenší model pro účinný katalyzátor. Experimentální poznatky jsou plně podpořeny výsledky kvantově-chemického studia, které naznačují, že rychlost-určující krok, jak pro epoxidaci, tak pro přesmyk na acetaldehyd, který vede k úplné oxidaci (nežádoucí proces), odpovídá vytvoření metallaoxetanu.

 

Significant results 2007-3


Roithová J., Schröder D.:
Gas-phase models for catalysis: Alkane activation and olefin epoxidation by the triatomic cation Ag2O+.
Journal of the American Chemical Society 129: 15311-15318 (2007).