ÚvodPh.D. studium na ÚOCHBTémata 2017Organická chemie

Organická chemie

Školitel Prof. Ing. Michal Hocek, CSc. DSc.
Skupina

Michal Hocek

Téma Bioorthogonální reakce na DNA pro regulaci transkripce
Fakulta FCHT / FPBT VŠCHT, PřF UK
Anotace

Budou připravovány DNA nesoucí reaktivní skupiny ve velkém nebo malém žlábku polymerasovou inkorporací modifikovaných nukleosid trifosfátů. Dále budou studovány bioorthogonální reakce těchto funkčních skupin v DNA, zejména reakce měnící velikost připojeného substituentu pro přepínání či spouštění interakcí DNA s proteiny a transkripce.

Klíčové citace:
1. Macíčková-Cahová, H.; Hocek, M. " Cleavage of adenine-modified functionalized DNA by type II restriction endonucleases" Nucleic Acids Res. 2009, 37, 7612-7622.
2. Kielkowski, P.; Macíčková-Cahová, H.; Pohl, R.; Hocek, M. "Transient and switchable (triethylsilyl)ethynyl protection of DNA against cleavage by restriction endonucleases" Angew. Chem. Int. Ed. 2011, 50, 8727-8730.
3. Raindlová, V.; Janoušková, M.; Slavíčková, M.; Perlíková, P.; Boháčová, S.; Milisavljevic, N.; Šanderová, H.; Benda, M.; Barvík, I.; Krasný, L.; Hocek, M. "Influence of major-groove chemical modifications of DNA on transcription by bacterial RNA polymerases" Nucleic Acids Res. 2016, 44, 3000-3012.
4. Matyašovský, J.; Perlíková, P.; Malnuit, V.; Pohl, R.; Hocek, M. "2-Substituted dATP derivatives as building blocks for polymerase synthesis of DNA modified in minor groove" Angew. Chem. Int. Ed. 2016, in press, doi: 10.1002/anie.201609007.