V dubnu 2017 byla ve vědeckém časopise Nature publikována referenční sekvence genomu ječmene o velikosti téměř 5 miliard párů bází (5 Gb). Projekt sekvenování byl zahájen v roce 2006, sekvence byla dokončena v roce 2015. Obdobný projekt pro genom pšenice o velikosti třikrát větší (17 Gb) odstartoval téměř současně a v lednu letošního roku bylo oznámeno dokončení sekvence. Projekt sekvenování genomu žita o velikosti 8 Gb začal letos a v tomto roce by měl být také dokončen. Tento neuvěřitelný pokrok je umožněn překotným rozvojem technologií a bioinformatických nástrojů, které zcela změnily přístupy k sekvenování velkých genomů. Článek se zabývá porovnáním strategií a postupů použitých v genomových projektech ječmene, pšenice a žita.
Citovaná a použitá literatura:
BURTON, Joshua N., et al. Chromosome-scale scaffolding of de novo genome assemblies based on chromatin interactions. Nature biotechnology, 2013, 31.12: 1119-1125.
INTERNATIONAL WHEAT GENOME SEQUENCING CONSORTIUM, et al. A chromosome-based draft sequence of the hexaploid bread wheat (Triticum aestivum) genome. Science, 2014, 345.6194: 1251788.
KAPLAN, Noam; DEKKER, Job. High-throughput genome scaffolding from in vivo DNA interaction frequency. Nature biotechnology, 2013, 31.12: 1143-1147.
LIEBERMAN-AIDEN, Erez, et al. Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome. science, 2009, 326.5950: 289-293.
MARTIS, Mihaela M., et al. Reticulate evolution of the rye genome. The Plant Cell, 2013, 25.10: 3685-3698.
MASCHER, Martin, et al. A chromosome conformation capture ordered sequence of the barley genome. Nature, 2017, 544.7651: 427-433.
MAYER, Klaus FX, et al. Unlocking the barley genome by chromosomal and comparative genomics. The Plant Cell, 2011, 23.4: 1249-1263.
SÁNCHEZ-MARTÍN, Javier, et al. Rapid gene isolation in barley and wheat by mutant chromosome sequencing. Genome Biology, 2016, 17.1: 221.
A reference sequence of barley genome (Hordeum vulgare, 5 Gb, giga base pairs) was published in the scientific journal Nature in April 2017. The project started in 2006 and the sequence was finished in 2015. An analogous project for the bread wheat genome (Triticum aestivum, 17 Gb) started in 2005, completion of the sequence was announced in January 2017. The sequencing project for rye genome (Secale cereale, 8 Gb) started this year and should be accomplished before the end of the year. This enormous progress is enabled by a rapid development of technologies and bioinformatics tools, which have dramatically changed approaches to sequencing of large genomes. The article focuses on comparison of strategies and procedures applied in sequencing projects of barley, wheat and rye.