Vědecko-servisní tým používá hmotnostní spektrometrii a příbuzné techniky pro objasňování struktury, charakterizaci a identifikaci širokého spektra organických sloučenin. Výzkum je zaměřen na vývoj nových metod včetně vývoje instrumentace a softwaru a jejich aplikace v analýze přírodních látek (komunikační látky, lipidy, peptidy, bílkoviny apod.). Spojení s chromatografickými metodami umožňuje charakterizovat i velmi komplexní směsi analytů. Vědecko-servisní tým Hmotnostní spektrometrie měří pro spolupracovníky z ÚOCHB velký počet vzorků zakázkovým způsobem. Servisní měření zahrnují ověřování a určování molekulové hmotnosti a struktury látek, identifikace a kvantifikace proteinů a další typy analýz.