V květnu 2017 schválila vláda program s názvem Národní centra kompetence, který má provázat dosavadní výzkumná centra do jednoho integrovaného systému a přispět k financování aplikovaného výzkumu v České republice po roce 2020, kdy ubudou peníze z evropských fondů. Technologická agentura ČR oznámila vyhlášení první veřejné soutěže na 28. 3. 2018.

Tento program předpokládá vznik „virtuálních“ center složených z týmů či pracovišť jednotlivých uchazečů, kteří budou podléhat společné Radě centra a mangementu centra. Zároveň bude každé centrum nositelem a realizátorem společných výzkumných témat a cílů. Každé pracoviště musí být finančně nezávislou, účetně oddělenou jednotkou v rámci dané instituce. Také by měla intenzivně spolupracovat s aplikační sférou a vytvářet poznatky s vysokým potenciálem pro přímé uplatnění v praxi. Významnou část svých příjmů by měla získávat ze smluvního výzkumu, ale i z dalších zdrojů.

Lhůta první veřejné soutěže poběží od 28. 3. 2018 nejdéle do 31. 5. 2018. Úspěšní uchazeči obdrží první finanční prostředky v lednu 2019, nicméně projekty mohou být řešeny již od 1. 6. 2018, od kdy mohou vznikat uznatelné náklady. Tyto náklady budou zpětně proplaceny v roce 2019. Všechny projekty v této veřejné soutěži budou trvat do konce roku 2020. Přibližně v polovině roku 2020 proběhne hodnocení realizovaných projektů, na jehož základě se rozhodne o případném prodloužení doby realizace projektů do konce roku 2022. V období do roku 2020 se může výše podpory pohybovat od 67 do 333 mil. Kč (100 – 500 mil. Kč v období 2018-2022).

Program Národní centra kompetence by měl konsolidovat současný roztříštěný systém výzkumných center. Financování by se v budoucnu mělo skládat z peněz ze smluvního výzkumu, doplněných právě o program Národní centra kompetence a dotací na kolaborativní výzkum.