Hmotnostní spektrometrie: slibný nástroj k druhové identifikaci organismů

  • Autor: Vít Dvořák
  • Vyšlo v časopise Živa 4/2017 na straně 169

Mezi molekulárními metodami používanými pro určování druhů se v posledním desetiletí uplatňuje proteinové profilování pomocí matricí asistované laserové desorpce (MALDI-TOF). Metoda poskytuje unikátní proteinové spektrum, které umožňuje rychlé přiřazení k druhu. Jde o proces jednoduchý, levný a přímočarý, užívá se proto k určování širokého spektra organismů (od patogenních bakterií až po krev sající hmyz) a má potenciál stát se jednou z významných metod studia taxonomie a biodiverzity.

Doporučená literatura:

ANGELETTI, Silvia. Matrix assisted laser desorption time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) in clinical microbiology. Journal of microbiological methods, 2017, 138: 20-29.
CAMPBELL, Peter M. Species differentiation of insects and other multicellular organisms using matrix‐assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry protein profiling. systematic Entomology, 2005, 30.2: 186-190.
DIERIG, Alexa; FREI, Reno; EGLI, Adrian. The Fast Route to Microbe Identification: Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization—Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS). The Pediatric infectious disease journal, 2015, 34.1: 97-99.
DVORAK, Vit, et al. Identification of phlebotomine sand flies (Diptera: Psychodidae) by matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry. Parasites & vectors, 2014, 7.1: 21.
JAMAL, Wafaa Y.; SHAHIN, May; ROTIMI, Vincent O. Comparison of two matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight (MALDI-TOF) mass spectrometry methods and API 20AN for identification of clinically relevant anaerobic bacteria. Journal of medical microbiology, 2013, 62.4: 540-544.
FERNÁNDEZ-ÁLVAREZ, Clara, et al. MALDI-TOF mass spectrometry for rapid differentiation of Tenacibaculum species pathogenic for fish. Applied Microbiology and Biotechnology, 2017, 1-14.
HOPPENHEIT, Antje, et al. Identification of Tsetse (Glossina spp.) using matrix-assisted laser desorption/ionisation time of flight mass spectrometry. PLoS neglected tropical diseases, 2013, 7.7: e2305.
HUANG, Angela M., et al. Impact of rapid organism identification via matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight combined with antimicrobial stewardship team intervention in adult patients with bacteremia and candidemia. Clinical infectious diseases, 2013, 57.9: 1237-1245.
KARADUMAN, Ayse, et al. Identification by using MALDI-TOF mass spectrometry of lactic acid bacteria isolated from non-commercial yogurts in southern Anatolia, Turkey. International Microbiology, 2017, 20.1: 25-30.
KAUFMANN, C., et al. Evaluation of matrix‐assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry for characterization of Culicoides nubeculosus biting midges. Medical and veterinary entomology, 2011, 25.1: 32-38.
KAUFMANN, Christian, et al. Spatio-temporal occurrence of Culicoides biting midges in the climatic regions of Switzerland, along with large scale species identification by MALDI-TOF mass spectrometry. Parasites & vectors, 2012, 5.1: 246.
LAROCHE, Maureen, et al. MALDI-TOF MS as an innovative tool for detection of Plasmodium parasites in Anopheles mosquitoes. Malaria journal, 2017, 16.1: 5.
MATHIS, Alexander, et al. Identification of phlebotomine sand flies using one MALDI-TOF MS reference database and two mass spectrometer systems. Parasites & vectors, 2015, 8.1: 266. NIARE, Sirama, et al. Identification of blood meal sources in the main African malaria mosquito vector by MALDI-TOF MS. Malaria journal, 2016, 15.1: 87.
SUTER, Tobias, et al. First report of the invasive mosquito species Aedes koreicus in the Swiss-Italian border region. Parasites & vectors, 2015, 8.1: 402.
VITHANAGE, Nuwan R., et al. Species-Level Discrimination of Psychrotrophic Pathogenic and Spoilage Gram-Negative Raw Milk Isolates Using a Combined MALDI-TOF MS Proteomics–Bioinformatics-based Approach. Journal of Proteome Research, 2017, 16.6: 2188-2203.
YSSOUF, Amina, et al. Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry: an emerging tool for the rapid identification of mosquito vectors. PLoS One, 2013, 8.8: e72380.
YSSOUF, Amina, et al. Identification of flea species using MALDI-TOF/MS. Comparative immunology, microbiology and infectious diseases, 2014, 37.3: 153-157.

Obrazové přílohy

Archiv článků pro pedagogy a studenty

Aktuality

City Nature Challenge je projekt, který vznikl za účelem vzbudit zájem o přírodu u obyvatel velkých měst. Hlavní myšlenkou je propojení vědecké a široké veřejnosti ve společné aktivitě pozorování a dokumentace rozmanitosti přírody. V daném období (27. – 30. 4 . 2018) budou předem přihlášená města z celého světa soutěžit o největší počet pozorování živé přírody zaznamenané pomocí aplikace iNaturlist. Je to jednoduché! Pojďte do toho i Vy a zjistěte, jak bohatá a unikátní je pražská příroda! Fotografie můžete pořizovat u Vás na zahradě, v oblíbeném parku nebo třeba na autobusové zastávce. Baví vás fotit? Máte rádi přírodu? Přidejte se do mezinárodního projektu a ukažme společně světu, jak unikátní je pražská příroda! ;)

Stáhněte si aplikaci iNaturalist a začněte nahrávat Vaše pozorování z přírody, nejen v průběhu City Nature Challenge v Praze, ale i v průběhu celého roku odkudkoliv z ČR :-)

Google Play: https://play.google.com/store/apps/details…
App Store: https://itunes.apple.com/us/app/inaturalist/id421397028?mt=8

... více aktualit ...

Předplatné Živy

Cena ročního předplatného je 294 Kč za šest čísel Živy (tedy 49 Kč za jedno číslo). Dvouleté předplatné stojí 568 Kč. Zjistěte, jak si předplatit časopis Živa.

Co je to Živa?

Časopis Živa je populárně vědecký časopis přinášející příspěvky z biologických oborů. V roce 2003 oslavila Živa dvě významná jubilea – 150. výročí od svého založení Janem E. Purkyněm a 50 let nepřetržitého současného vydávání.