Aleš Růžička je zaměstnán na Katedře obecné a anorganické chemie, Fakulty chemicko-technologické, Univerzity Pardubice. Od počátku svých studií byl součástí výzkumné skupiny Prof. J. Holečka (od roku 1993). Od roku 1999 byl zaměstnán jako výzkumný pracovník. V roce 2001 získal titul Ph.D. a začal nezávislou vědeckou kariéru. Je autorem nebo spoluautorem více než 300 článků v odborných časopisech, tří kapitol v knihách a tří patentů. Přednesl více než 45 přednášek na mezinárodních i domácích konferencích. V rámci svých pedagogických povinností vede kurzy přednášek o aspektech organokovové chemie, pokročilé anorganické chemie, NMR spektroskopie a krystalografie.

V roce 2003 vykonal postdoktorální stáž v rámci Royal Society/NATO fellowship u Prof. Michaela F. Lapperta na Sussex University v Brightonu, VB. V dalších letech vykonal krátkodobé pobyty a přednášel na zahraničních univerzitách (Dijon, Zaragoza, Brusel, Saitama, Zürich, Chemnitz, Graz, a KIT Karlsruhe).

V roce 2002 dostal Cenu za nejlepší sadu prací v oboru spektroskopie od České spektroskopické společnosti a v roce 2008 Baderovu cenu za organickou chemii. Je členem redakční rady časopisů Applied Organometallic Chemistry, Main Group Metal Chemistry a Crystals. V současné době je předsedou organizačního výboru konference International Conference on the Coordination and Organometallic Chemistry of Germanium, Tin and Lead, předsedou Oborové rady Anorganická chemie pro Ph.D. studium na Univerzitě Pardubice a členem Vědecké rady mateřské fakulty. Byl členem panelu Grantové Agentury ČR v letech 2009–2012, nově zvolen na období 2015–2019, a komise chemie Grantové Agentury AV ČR v letech 2008–2011.

Hlavní vědecké zájmy jsou: chemie sloučenin kovů, zejména hlavních skupin s atomem kovu v netradičních oxidačních stavech a jejich aplikací.