| Anotace |
V uplynulém roce se nám podařilo vyvinout metodu, která nabízí optimální řešení pro třídění tzv. produktivních a neproduktivních interakcí určujících stabilitu proteinů. Tato metoda která využívá novou definici kontaktu je založená na velikosti interakční energie mezi aminokyselinami podobných fyzikálně-chemických vlastností. Je schopna převést topologii proteinu do kontaktní mapy, která reprezentuje skutečný význam aminokyselin pro stabilitu proteinu.
Metoda má poměrně velký aplikační potenciál. Cílem je ji zpřístupnit pomocí webové aplikace všem experimentátorům ať už z řad biochemiků, biofyziků či strukturních biologů pro něž je změna stability jedním ze sledovaných kritérií např. při návrhu funkčních mutant daného proteinu.
Druhým hlavním cílem navrhované disertační práce je využít této metody v algoritmu pro predikci 3D struktur proteinů. Rychlá diskriminace velkého množství testovaných struktur (tzv. decoys) je pomocí této metody možná a ve spojení s metodami predikce sekundárních struktur ji lze využít pro efektivní odhad 3D struktur dosud neznámých proteinů.
|
