Archeologický ústav obdržel zvláštní cenu revue Pamiatky a múzeá za r. 2016, za výstavu „Dedičstvo Karola Veľkého„, a to ve zvláštní kategorii: „Za prezentáciu európskeho kontextu slovenskej kultúry od včasného stredoveku“. Cenu převzala vedoucí týmu a kurátorka výstavy Mgr. Jana Maříková Kubková, Ph.D. v Trnavě, dne 7. září 2017 na slavnostním zahájení Dní evropského kulturního dědictví 2017 ve Slovenské republice.

Výroční cenu uděluje od r. 1992 za nejvýznamnější aktivity v oblasti ochrany kulturního dědictví Slovenska Slovenské národné múzeum, Pamiatkový úrad Slovenskej republiky a redakcia Revue pre kultúrne dedičstvo Pamiatky a múzeá.